公司變更股東登記的流程是：
第一步：申請人持相關材料向工商行政部門提出申請，經受理審查員初審透過，開具《受理通知書》或者《申請材料接收單》;不符合受理條件的，在當場或者5個工作日內一次性告知申請人應當補正的全部材料(出具告知單)。
第二步：工商部門對申請人申請材料齊全、符合法定形式的，當場作出是否准予登記的決定並出具《登記決定通知書》;需要對申請材料的實質內容進行覈實的，出具《企業登記材料需要覈實事項告知書》，工商管理部門必須在10個工作日內作出覈准或者駁回申請的決定。
第三步：在5個工作日後(申請材料的實質內容需覈實的除外)，申請人可以憑《登記決定通知書》到發照視窗換髮《准予變更登記通知書》。
【法律依據】
《公司法》第三十四條規定，有限責任公司變更股東的，應當自變更之日起30日內申請變更登記，並應當提交新股東的主體資格證明或者自然人身份證明。有限責任公司的自然人股東死亡後，其合法繼承人繼承股東資格的，公司應當依照前款規定申請變更登記。有限責任公司的股東或者股份有限公司的發起人改變姓名或者名稱的，應當自改變姓名或者名稱之日起30日內申請變更登記。
