(一)股東與公司之間資格確認糾紛
1、隱名股東與公司間資格確認糾紛
該類糾紛的實質是隱名股東要求在公司顯名的問題，即隱名股東向公司要求直接擁有股東資格並享有股東各項權利，要求公司變更股東，簽發出資證明書、記載於股東名冊，記載於公司章程的情形。
對此問題，《公司法司法解釋三》第24條及《九民會議紀要》第28條有明確規定，這裏面主要涉及三個問題的認定：
(1)隱名股東與名義股東的合同效力問題
與名義出資人訂立合同，約定由實際出資人出資並享有投資權益，以名義出資人爲名義股東，實際出資人與名義股東對該合同效力發生爭議的，如無法律規定的無效情形，人民法院應當認定該合同有效。
至於法律規定的無效情形，根據最新的《民法典》合同編第144條、146條、153條、154條的規定，無民事行爲能力人、行爲人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行爲無效，違反法律、行政法規的強制性規定的、違背公序良俗的、行爲人與相對人惡意串通，損害他人合法權益的民事法律行爲無效。
也就是說，如果不存在上述《民法典》中規定的無效情形，隱名股東與名義股東之間訂立的合同合法有效，受到法律保護。
(2)隱名股東與名義股東關於投資權益的歸屬問題
實際出資人與名義股東因投資權益的歸屬發生爭議，實際出資人以其實際履行了出資義務爲由向名義股東主張權利的，人民法院應予支援。名義股東以公司股東名冊記載、公司登記機關登記爲由否認實際出資人權利的，人民法院不予支援。
這意味着對於公司而言，公司履行義務只針對名義股東，但實際出資人可以向名義股東請求應取得的權益。
(3)隱名股東想要在公司進行顯名登記需要滿足的條件
實際出資人未經公司其他股東半數以上同意，請求公司變更股東、簽發出資證明書、記載於股東名冊、記載於公司章程並辦理公司登記機關登記的，人民法院不予支援。
也就是說隱名股東如果想要顯名登記，需要經過公司其他股東過半數以上同意，如果其他股東不容易就無法辦理顯名登記。爲保障隱名股東權利，實際出資人能夠提供證據證明有限責任公司過半數的其他股東知道其實際出資的事實，且對其實際行使股東權利未曾提出異議的，對實際出資人提出的登記爲公司股東的請求，人民法院依法予以支援。公司以實際出資人的請求不符合《公司法司法解釋(三)》第24條的規定爲由抗辯的，人民法院不予支援。
2、股東出資不到位導致的股東資格確認糾紛
對於股東未履行或者未全面履行出資義務是否享有股東權利作出了明確規定，股東在出資不到位的情況下，其依然具有股東資格，但是公司根據公司章程或者股東會決議對未出資到位股東的利潤分配請求權、新股優先認購權、剩餘財產分配請求權等股東權利可以作出相應的合理限制，該股東請求認定該限制無效的，人民法院不予支援。
如果股東未履行出資義務或者是抽逃全部出資的，股東的除名制度。對於該股東，經公司催告繳納或者返還，其在合理期間內仍未繳納或者返還出資，公司以股東會決議解除該股東的股東資格，該股東請求確認該解除行爲無效的，人民法院不予支援。
3、股東瑕疵出資導致的股東資格確認糾紛
瑕疵出資包括貨幣財產瑕疵出資、非貨幣財產瑕疵出資、股權瑕疵出資三種。關於股東瑕疵出資行爲如何補正，實務中股東瑕疵出資並不不影響股東資格的取得，瑕疵出資股東被記載於公司章程、股東名冊或者經過工商註冊登記後，如果沒有經過合法的除權程序，應當認定該瑕疵出資股東具有公司股東資格，享有股東權利。但其享有股東權利的前提是承擔股東義務，由於當事人並沒有履行出資義務，其股東權利的行使應當受到一定的限制。
4、員工股東離職與公司間資格確認糾紛
實踐中員工持股常見有兩種情況：一種是公司章程規定公司職工可以成爲股東，且進行工商變更登記;還有一種情況是職工購買員工內部股，取得公司發放的股份成員證，但並未辦理工商變更登記。
對於第一種情況，員工在職時是公司法規定的真正意義上的股東，記載於股東名冊、記載於公司章程並辦理公司登記機關登記，享有股東權利，承擔股東義務。這種情形公司章程中一般會作出明確限定，只有該公司的職工才能成爲股東，會設定“強制離職股東轉讓股權”條款，對員工股東離職時公司收購股權的價格作出約定，且公司收購股權後，必須按法律規定的相關程序進行公示。
對於第二種情形，職工購買員工內部股，取得公司發放的股份成員證，由於該股份成員證並非公司股東出資證明書，也非公司股份轉受讓證明書，同時工商行政管理部門登記的公司股東名冊也未發生任何變化，故司法實踐中一般不會據此認定該員工爲公司法意義上的股東。
(二)股東與股東之間資格確認糾紛
1、隱名股東和顯名股東資格確認糾紛
該情況同本文第二條第一款第一項中隱名股東與公司間資格確認糾紛的情況相同，不再贅述。
2、股東之間因股權轉讓導致的資格確認糾紛
股東之間因股權轉讓導致的資格糾紛主要是涉及股東向股東以外的人轉讓股權時，未就股權轉讓事項徵求其他股東意見，損害其他股東優先購買權。
需要注意的是，如果被侵害優先購買權的股東僅提出確認股權轉讓合同及股權變動效力等請求，但未同時主張按照同等條件購買轉讓權的，人民法院不予支援，也就是說被侵權的股東不能單獨提起確認股權轉讓合同及股權變動效力之訴，而應當同時主張按同等條件購買轉讓股權。
3、股東之間因出資產生的股東資格確認糾紛
股東持有股權的比例一般與其實際出資比例一致，但有限責任公司的全體股東內部也可以約定不按實際出資比例持有股權。在公司註冊資本符合法定要求的情況下，各股東的實際出資數額和持有股權比例應屬於公司股東意思自治的範疇。
如果各股東事先約定了不按實際出資比例持有股權後又反悔的，如該約定是各方當事人的真實意思表示，且未損害他人的利益，不違反法律和行政法規的規定，應屬有效，股東按照約定持有的股權應當受到法律的保護。
(三)股東與第三人之間資格確認糾紛
1、股東與債權人之間的資格確認糾紛
一般來說，在公司債權人對於公司股東的認定上，應以公司登記機關的登記爲準，該登記對善意第三人具有宣示股東資格的功能。
對於公司外部債權人而言，其對股東資格的認定以公司登記機關登記爲準，名義股東是對外承擔債務的直接責任人，其責任範圍對公司債務不能清償的部分在未出資本息範圍內承擔補充賠償責任。同時，名義股東承擔賠償責任後，可以向實際出資人追償。
2、股東與第三人之間因股權轉讓導致的股東資格確認糾紛
如果股權轉讓之後，尚未向公司登記機關辦理變更登記之前，原股東將仍登記於其名下的股權轉讓、質押或者以其他方式處分，受讓股東以其對於股權享有實際權利爲由，請求認定處分股權行爲無效的，人民法院可以參照《民法典》第三百一十一條的規定處理。
也就是說，原股東出現一股多賣或者在股權轉讓後又以其他方式處分股權的，對於該行爲是否有效的認定，在於審查第三人是否滿足善意取得的條件。
(四)公司與第三人之間資格確認糾紛
1、公司與已故股東繼承人之間因繼承導致的股東資格確認糾紛
《自然人股東死亡後，其合法繼承人可以繼承股東資格;但是，公司章程另有規定的除外。
首先，自然人股東的合法繼承人可以繼承股東資格。繼承人自被繼承人死亡時開始享有股東資格。其他股東或者第三人不能以未辦理股東名冊或者工商登記對股東資格進行抗辯。
其次，允許公司章程另行規定股東資格繼承辦法。有些公司出於對公司管理規範、經營模式的考慮，在公司章程中會對股東資格的繼承作出限制，繼承人只能繼承該部分股權的財產權，而不能直接成爲公司股東，如果想要成爲公司股東，則需經其他股東過半數同意;或者是雖然繼承了股東資格，享有股東的其他權利，但是對其表決權作出一定限制。另外需要注意的是，股東死亡後繼承事實發生時，修改公司章程禁止繼承的決議是無效的。
2、公司與離婚股東配偶之間因股東離婚導致的股東資格確認糾紛
股東與其配偶離婚時，股東享有的公司股權可能會作爲夫妻共同財產進行分割。配偶可以獲得股權的財產性權利在實務中並沒有爭議。關於配偶是否可以透過離婚財產分割當然獲得股東資格，
人民法院審理離婚案件，涉及分割夫妻共同財產中以一方名義在有限責任公司的出資額，另一方不是該公司股東的，按以下情形分別處理：
(一)夫妻雙方協商一致將出資額部分或者全部轉讓給該股東的配偶，其他股東過半數同意，並且其他股東均明確表示放棄優先購買權的，該股東的配偶可以成爲該公司股東;
(二)夫妻雙方就出資額轉讓份額和轉讓價格等事項協商一致後，其他股東半數以上不同意轉讓，但願意以同等條件購買該出資額的，人民法院可以對轉讓出資所得財產進行分割。其他股東半數以上不同意轉讓，也不願意以同等條件購買該出資額的，視爲其同意轉讓，該股東的配偶可以成爲該公司股東。用於證明前款規定的股東同意的證據，可以是股東會議材料，也可以是當事人透過其他合法途徑取得的股東的書面聲明材料。
3、公司增資中關於投資人的股東資格確認糾紛
公司增加註冊資本應當經過股東會決議，且股東會決議必須經代表三分之二以上表決權的股東透過。
實務中即使投資人與持有公司表決權三分之二以上的大股東簽訂增資入股協議，但如果該增資行爲未經過股東會決議並經代表三分之二以上表決權的股東透過，也會因程序違法，導致增資協議成爲無效或者可撤銷，投資者也不能取得股東資格。
在一定情況之下，很多人的股權或者是股份是不屬於自己名下的，那如何證明在自己的名下，需要根據實際出資來經確定，但在事實情況之中，有非常多的特殊情況發生，所以要根據實際情況來進行具體分析，如果實在是公司和個人處理不了的，可以透過法院來提起訴訟。
