現在很多企業都是一般納稅人，如果其在納稅過程中被稅務機關發現有逃稅漏稅、虛開增值稅發票行爲，會被列入輔導期。在輔導期內，企業納稅方面有比較多的限制，並且開票限額也相對較低。那麼一般納稅人輔導期抵扣進項稅額如何操作？接下來小編具體講解下有關知識。
一、一般納稅人輔導期如何申報抵扣進項稅額？
根據《國家稅務總局關於印發<增值稅一般納稅人納稅輔導期管理辦法>的通知》(國稅發〔2010〕40號)第十二條規定：“主管稅務機關定期接收交叉稽覈比對結果，透過《稽覈結果匯出工具》匯出發票明細數據及《稽覈結果通知書》並告知輔導期納稅人。
輔導期納稅人根據交叉稽覈比對結果相符的增值稅抵扣憑證本期數據申報抵扣進項稅額，未收到交叉稽覈比對結果的增值稅抵扣憑證留待下期抵扣。“
因此，要以稽覈結果通知書爲準，可以進項抵扣。
二、一般納稅人輔導期應該注意哪些問題？
1、 一般納稅人的輔導期一般爲6個月，到期後納稅人應主動向主管稅務機關提交轉爲正式一般納稅人的申請。應在輔導期最後一個月完成申報後，向大廳綜合受理視窗提出申請。
2、 專用發票的領購數量。一般納稅人輔導期內每次增值稅防僞稅控專用發票的領購量最多不得超過25份，發票不夠增加數量的應先依據上一次領購併開具的正數專用發票上註明的銷售額按4%徵收率計算 ，向主管稅務機關預繳稅款。此預繳稅款在次月申報時一定要填寫在申報表主表的28欄“分次預繳稅款”中，否則當月和以後月份，將無法使用此預繳來抵繳稅款。
3、 專用發票的填開限額。輔導期一般納稅人每張專用發票最高開票限額原則上不得超過一萬元。
4、 進項稅額的抵扣。在輔導期內，商貿企業取得的專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資發票以及貨物運輸發票要在交叉稽覈比對無誤後，方可予以抵扣，未收到主管稅務機關稽覈比對結果通知書及其明細清單的不准許抵扣。
綜上所述，被列入一般納稅人輔導期的企業要積極的配合稅務機關進行整改，通常這個期限是六個月。一般納稅人輔導期抵扣進項稅額，要得到稅務機關稽覈對比結果通知書才行。如果沒有收到通知書，則要等待下期抵扣。在輔導期結束前，企業應該及時向稅務機關申請轉正。
