1、投資主體不同
有限責任公司的投資主體可以是自然人，也可以是法人;個人獨資企業的投資主體只能是自然人。
2、法律形式不同
有限責任公司屬於法定的民事主體，具有法人資格;而個人獨資企業屬於非法人組織，不具有法人資格。有限責任公司的名稱應該帶有“有限責任公司”字樣，而個人獨資企業的名稱則不能稱公司。
3、設立條件不同
有限責任公司的註冊資本最低限額爲人民幣10萬元，股東應當一次足額繳納公司章程規定的出資額;個人獨資企業的設立並沒有法定註冊資本最低限額的限制，只需“有投資人申報的出資”即可。另外，有限責任公司的貨幣出資金額不得低於有限責任公司註冊資本的30%。而個人獨資企業對出資形式未作出任何強制性規定。
4、稅收徵繳規定不同
一人有限責任公司按照稅法規定，需要繳納企業所得稅，而個人獨資企業不需要繳納企業所得稅，只需要繳納個人所得稅。《國務院關於個人獨資企業和合夥企業徵收個人所得稅問題的通知》規定，個人獨資企業和合夥企業從2000年1月1日起，停止徵收企業所得稅，比照個體工商戶生產經營所得徵收個人所得稅。
5、投資者責任承擔不同
一人有限責任公司的股東以認繳的出資額爲限承擔“有限責任”，僅在股東不能證明公司財產獨立於股東自己的財產的情況下對公司債務承擔連帶責任;個人獨資企業的投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任，投資人在申請企業設立登記時明確以其家庭共有財產作爲個人出資的，應當依法以家庭共有財產對企業債務承擔無限責任。
另外，一人有限責任公司的財務覈算要求高於個人獨資企業。一人有限責任公司應當在每一會計年度終了時編制財務會計報告，並經會計師事務所審計;個人獨資企業則只需依法設定會計帳簿，進行會計覈算，無需經會計師事務所審計。
個人獨資企業和有限公司最明顯的區別就是公司出資人的限定，個人獨資企業顧名思義就是個人出資創立的公司，而有限公司的出資可以是個人出資，也可以是合夥人一起出資，出資的人員情況是沒有區別的。
