(1)掛靠人和被掛靠人之間的掛靠合同法律關係。
掛靠人與被掛靠人之間引起糾紛的主要原因是拖欠工程價款或者管理費，即因被掛靠人拖欠掛靠人的工程價款、被掛靠人拖欠掛靠人的管理費/承包費等而發生。因爲在掛靠中，掛靠人通常是以被掛靠人名義與發包人發生工程款交付結算關係，發包人先把工程款撥付到被掛靠人名下，再由掛靠人到被掛靠人處領取，這樣被掛靠人掌握了工程款的主動權，而掛靠人處於被動地位，因被掛靠人不按雙方之間的協議支付工程款引起糾紛。
另外一類糾紛是追償權糾紛，因爲在掛靠合同中往往會約定，若因掛靠人的過錯導致被掛靠人受損的(包括但不限於向建設單位、材料設備供應商、僱用人員支付違約金、賠償金等)，被掛靠人可以在承擔相關責任後向掛靠人追償，即基於掛靠合同關係，被掛靠人行使追償權而發生的糾紛。
法律法規明確否定了掛靠行爲的合法性。據此，掛靠雙方當事人簽訂的掛靠協議因其違反了法律法規的強制性規定而歸於無效。對於無效的合同，合同法規定對因無效合同而取得的非法利益應予沒收。所以，對被掛靠人取得的管理費等應依法被沒收。
然而，雖然掛靠合同無效，但對於被掛靠人拖欠掛靠人工程價款的情形(實際上涉及到的建設工程施工合同也是無效的，後面會談到。)，應區分爲兩種情況來處理，一是如果工程竣工驗收合格的，掛靠人要求被掛靠人支付工程價款的，應予支援;二是如果工程竣工驗收未合格的，掛靠人要求被掛靠人支付工程價款的，不予支援。
建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支援。修復後的建設工程經竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支援。對於承包人要求支付工程價款的，分爲兩種情形處理：一是工程竣工驗收合格的應予支援，二是工程竣工驗收不合格的不予支援。這兩條規定實際上淡化了合同的效力，即不以合同是否有效爲依據，而是以工程竣工驗收是否合格爲依據，驗收合格的就予以支援，驗收不合格的就不予以支援。雖然這兩條規定的是發包人與承包人之間的關係，但其對掛靠人與被掛靠人之間也應當是適用的。
(2)發包人與承包人(被掛靠人)的建築工程承包合同法律關係。
從表面上看，該合同承包人(被掛靠人)具有符合建設活動要求的相應資質條件，其合同主體符合法律規定，發包人與承包人(被掛靠人)之間簽訂的建築工程承包合同合法有效。即以工程是否驗收合格來區分處理。工程驗收合格的，則支援承包人(被掛靠人)向發包人支援工程價款的請求;工程驗收不合格的，則不支援承包人(被掛靠人)向發包人支付工程價款的請求。另外需要強調的是，由於建設工程施工合同無效，被掛靠人作爲承包人的“工程價款優先受償權”將無法行使，因爲合同有效，是擁有和行使該項權利的基礎。
工程僱傭人員的工資也是作爲工程價款欠款的方式來處理的。按相關的法律法規的規定判斷，僱用人員也屬於實際施工人，他們也可以向發包人、轉包人、違法分包人主張權利。在掛靠中，僱用人員被拖欠工資時，可以向發包人、被掛靠人、掛靠人主張權利。
