由省、自治區人民政府審計機關領導。根據《中華人民共和國審計法實施條例》第八條,省、自治區人民政府設有派出機關的,派出機關的審計機關對派出機關和省、自治區人民政府審計機關負責並報告工作,審計業務以省、自治區人民政府審計機關領導爲主。