一、自行清算中如何處理訴訟?
公司有獨立財產權利，所以公司解散清算時，由清算且代表公司進行訴訟，而訴訟的責任由公司財產承擔。
公司清算是終結解散公司的法律關係，消滅公司法人資格的行爲。清算產生於公司進入解散狀態之後。清算須有清算機關，也稱清算組或清算人。在涉及到訴訟時，是由處於解散狀態的公司來起訴或應訴還是由清算組來爲之，似乎法律或司法解釋或司法實踐活動已給出了答案。
1、從民事訴訟法關於當事人的規定角度考量
《民事訴訟法》第四十九條規定，公民、法人和其他組織可以作爲民事訴訟的當事人。法人由其法定代表人進行訴訟。其他組織由其主要負責人進行訴訟。根據該規定，目前在我國可以作爲民商事訴訟主體的當事人包括公民、法人或其他組織。破產企業清算組的性質及功能決定了其不屬於公民和法人的範疇。其是否屬於民事訴訟法規定的“其他組織”範疇，可以結合有關民商事訴訟中其他組織的規定標準來確認。
2、從民商事法理角度考量
破產企業清算組不是一個離開破產企業而獨立存在的組織或機構，它屬於破產企業內部的特殊表意機關(代表機關)和執行機關。企業進入破產宣告程序且破產企業清算組成立後，破產企業的法人資格在清算結束前並沒有終止或消滅，甚至經人民法院或清算組同意其仍可繼續進行必要的生產經營活動。即企業進入破產程序後，在其法人資格消滅前，其仍享有一定的民事權利能力和行爲能力。儘管破產企業法人的代表機關和執行機關是破產企業清算組，但破產企業清算組從事民事活動所產生的法律效果卻由破產企業來承擔。破產企業清算組。
二、公司破產清算程序
1、破產宣告
破產宣告由自人民法院裁定作出之日起五日內送達債務人和管理人，自裁定作出之日起十日內通知已知債權人，並予以公告。
2、破產財產變價方案
破產財產變價方案由管理人擬訂並提交債權人會議討論透過。
3、變價
管理人按照債權人會議透過的或者人民法院裁定的破產財產變價方案，透過拍賣變價出售破產財產。債權人會議另有決議的除外。
4、清償
破產財產依照下列順序清償，破產財產不足以清償同一順序清償要求的，按照比例分配。
(一)破產費用和共益債務;
(二)破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫卹費用，所欠的應當劃入職工個人帳戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金。破產企業的董事、監事和進階管理人員的工資按照該企業職工的平均工資計算;
(三)破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款;
(四)普通破產債權。
5、終結
公司無財產可供分配或最後分配完結後，管理人提請人民法院裁定終結破產程序。人民法院裁定終結破產程序的，應當予以公告。
管理人自破產程序終結之日起十日內，持人民法院終結破產程序的裁定，向破產人的原登記機關辦理註銷登記。
綜上所述，公司在清算期間，由公司的清算組代表公司參加民事訴訟，因民事訴訟產生的債務，由公司財產承擔，清算組負責編制資產負債表和財產清單後，應當制定清算方案，即使對員工的薪資和相應的債務進行清償。
