公司清算是一個過程，法律設定了嚴格的清算程序。所謂的公司清算程序，是指在公司解散清算過程中，按照有關法律、法規的規定應該經過的具體步驟。
一般而言，清算程序是主體資格類行政許可事項註銷的必經程序，而對非主體資格類行政許可進行註銷則不需要經過清算程序。根據我國相關法律的規定，主體資格類行政許可相對人在向行政許可機關申請註銷行政許可之前，應當先組織清算。例如，《中華人民共和國公司登記管理條例》第43條規定，公司只有在清算結束以後才能向原公司登記機關申請辦理註銷登記，同時該條例第44條也明確規定清算報告是公司申請註銷登記必須提交的材料之一。再例如，《基金會管理條例》第18條規定：基金會在辦理註銷登記前，應當在登記管理機關、業務主管單位的指導下成立清算組織，完成清算工作。
對於如何進一步合理設定行政許可註銷中的清算程序，學界對此也展開了大量探討，而討論也主要是集中在對經營類主體資格的清算程序的完善方面。針對經營類主體資格清算制度存在的諸多問題而導致的經營類主體不願主動組織清算，進而無法正常對行政許可進行註銷的現狀，許多學者提出了設想。例如，有學者認爲應當透過簡化清算程序，降低企業清算、註銷成本，促成企業自願清算和申請註銷，同時採取公共託管制度，改革營業執照保管方式和企業資訊查詢體制，並啓動依職權註銷制度。也有學者認爲可以透過運用說服、示範、教育、協商、勸告、建議等行政指導手段，對行政許可相對人進行引導教育，促使其依法進行清算。
公司註銷要符合相映的規章制度，才能夠進行註銷，如果不按照明確的法律規定的制度來進行註銷的話，在法律上，該公司還是進行存在的。清算程序結束之後清，清算組向公司原有的申請主管部門進行申請公司註銷有關部門同意與該申請之後，即可將該公司在法律上進行取消。
