如果公司申請破產了，那麼應該由公司承擔的部分工傷保險待遇可以向公司進行索賠，因爲我國對於勞動者權益的保護還是非常重視的，法律明確規定如果企業申請破產了，那麼破產財產在優先清償破產費用和共益債務後，要依照下列順序清償：
(一)破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫卹費用，所欠的應當劃入職工個人帳戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金;
(二)破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款;
(三)普通破產債權。
破產財產不足以清償同一順序的清償要求的，按照比例分配。
破產企業的董事、監事和進階管理人員的工資按照該企業職工的平均工資計算。
法律依據：
《工傷保險條例》第十七條
職工發生事故傷害或者按照職業病防治法規定被診斷、鑑定爲職業病，所在單位應當自事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定爲職業病之日起30日內，向統籌地區社會保險行政部門提出工傷認定申請。遇有特殊情況，經報社會保險行政部門同意，申請時限可以適當延長。
用人單位未按前款規定提出工傷認定申請的，工傷職工或者其近親屬、工會組織在事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定爲職業病之日起1年內，可以直接向用人單位所在地統籌地區社會保險行政部門提出工傷認定申請。
按照本條第一款規定應當由省級社會保險行政部門進行工傷認定的事項，根據屬地原則由用人單位所在地的設區的市級社會保險行政部門辦理。
用人單位未在本條第一款規定的時限內提交工傷認定申請，在此期間發生符合本條例規定的工傷待遇等有關費用由該用人單位負擔。
