委託銀行代繳稅款三方協議書在填寫的時候首先要到稅務部門領取三方協議一式三份,把這三份協議中需要納稅人填寫的納稅人在每份三方協議書，上填寫納稅人名稱、納稅人識別號、妒銀行名稱、等內容,並加蓋公章和預留銀行印鑑後提交開戶銀行。
找稅務部門填寫其中內容，最後這三份協議要交到銀行審覈無誤後在三份委託繳稅協議上分別加蓋公章,錄入計算機系統，並加註委託繳稅標識，同時留存其中有稅務機關、納稅人和銀行三方簽章的一份,作爲日後從納稅人銀行帳戶劃繳稅款的資訊比對依據將其中的兩份委託繳稅協議送主管稅務機關校驗。
二、填寫委託銀行代繳稅款三方協議書的注意事項:
1、自然人涉及跨區納稅義務的,需分別向主管稅務機關申請簽訂三方協議;
2、自然人應在協議書上乙方填寫納稅人、實際繳稅人姓名、有效證件類型、證件號碼和指定賬號。納稅人、實際繳稅人姓名和證件姓名一致，並在乙方(自然人簽字)處由本人簽字;.
3、自然人可使用的有效證件類型爲:身份證、護照港澳臺通行證,及開戶銀行認可的其他證件。應與三方協議中填寫的有效證件類型和證件號碼一致;
4、自然人可至開戶銀行在本市的任一營業網點辦理簽約。 簽約中與開戶銀行有關的事項，銀行向自然人做出解釋;
5、個體工商戶納稅人與自然人使用相同借記卡或活期存摺簽約的,可合併辦理。
6、如發生退稅的，由自然人向主管稅務機關申請退稅，退稅賬號爲實際繳稅賬號。
納稅義務人，可能會爲了簡化繳納稅額的程序，就直接委託銀行，或者是其他的第三方來完成稅額的繳納義務，爲了約束銀行等的委託方的行爲，在確定辦理稅額繳納義務人之後，納稅義務人可能會與其簽署委託銀行代繳稅款三方協議書。
