一、技術合同認定免稅的流程是什麼?
1.根據相關法律要求，擬定合同，雙方(多方)簽字蓋章。
2.合同中提及存在非技術交易的，如原合同中未明確具體金額，雙方(多方)需簽訂補充協議進行明確。
3.合同生效後，提交科技處合同彩色掃描件一份，掃描件必須爲PDF格式，每個合同儲存爲單個檔案，以項目名稱命名。技術轉讓、技術許可合同，辦理時需同時提交知識產權證書掃描件。
4.提交技術合同認定申請表(見附件)掃描件。
5.科技處統一向江蘇技術市場管理辦公室提交認定申請(合同截止時間應超過填報日15個工作日，否則系統中無法申報)。
6.認定登記完成後，科技處工作人員將《技術合同申請認定表》電子版發送到項目負責人或聯繫人電子郵箱。
7.合同有效期內，項目負責人或聯繫人攜帶《技術合同申請認定表》(紙質版)及相關合同至財務處財稅管理科開具免稅發票。
8.已超出合同有效期的合同，如需開具免稅發票，須簽訂補充協議，按照上述流程重新辦理。
9.技術合同一旦辦理免稅登記，不得撤銷。
二、辦理免稅注意事項
1. 什麼是技術合同認定
技術合同認定是指根據《技術合同認定登記管理辦法》(國科發政字〔2000〕063號)設立的技術合同登記機構對技術合同當事人申請認定登記的合同文字從技術上進行覈查，確認其是否符合技術合同要求的專項管理工作。
技術合同登記機構對申請認定登記的合同是否屬於技術合同及屬於何種技術合同作出結論，並覈定其技術交易額(技術性收入)。
2. 哪些合同可以辦理免稅?
經過技術認定後，技術開發、技術轉讓合同可以申請免稅;技術服務合同、技術諮詢合同，不能免稅;
3. 關於技術合同的交易金額
技術合同的交易金額包括合同總額和技術交易額，合同總額是指技術合同成交項目的總金額，技術交易額是指從合同總額中扣除購置設備、原材料、實驗耗材等非技術性費用後的剩餘金額。技術交易額是純技術收入，也是減免增值稅的計算依據(即只有技術交易額才能免稅)。
4. 加計扣除(企業方抵稅)
經過技術認定後，技術開發合同中技術交易額可以申請加計扣除。
5. 其他注意事項
(1)合同必須有明確的有效期，超出合同有效期限時，不能開具免稅發票;如超出合同有效期限，需要簽訂補充協議，並重新進行技術認定。
(2)合同中必須明確知識產權歸屬，如合同中存在知識產權獨佔回授的條款，則不能進行認定登記。
(3)合同中提及的相關附件材料必須一併提供。
(4)開具的增值稅普通發票可以免稅;增值稅專用發票不能免稅。
(5)技術合同認定審覈成功前，已開出開出發票的金額不能免稅。
技術合同在免稅的過程中需要注意的事項包括合同必須有明確的有效期，必須明確只是產權的歸屬，並且合同中提及相關的材料需要一併提供登記部門，普通發票可以免稅專用發票不能。
