第一，主體不同。在間接代理合同中，法律對代理人的主體資格沒有特別的限制規定，只要是具有相應的民事行爲能力的人，即可以成爲代理人。而在行紀合同中，行紀人的主體資格受到限制，根據法律規定，只有經批准有權從事行紀業務的自然人、法人或相關組織纔可以成爲行紀人。
第二，是否可以行使介入權、選擇權不同。在間接代理中，如果第三人在訂立合同時知道受託人與委託人之間的代理關係，則合同直接約束受託人和第三人。而如果第三人在訂立合同時不知道委託人與受託人之間的代理關係，根據法律規定，如果受託人因第三人的原因對委託人不履行義務，受託人應當向委託人披露第三人，委託人此時可以行使介入權，主張受託人對第三人的權利。當受託人因委託人的原因對第三人不履行義務，受託人應向第三人披露委託人，第三人可以行使選擇權，選擇受託人或者委託人作爲相對人主張其權利。
因此，在簽訂合同時，如果第三人不知道受託人與委託人之間的代理關係，則可以透過受託人的披露而使得委託人行使介入權，第三人行使選擇權。而行紀關係由兩個獨立的法律關係組成，合同應當分別履行。行紀人與第三人訂立合同的，行紀人對該合同直接享有權利，承擔義務。第三人不履行義務導致委託人的利益受損害，行紀人應該承擔損害賠償責任，而第三人即使知道委託人是誰，也不能越過行紀人而直接與委託人發生法律關係。
第三，定性不同。行紀合同是有償的，行紀人都是專門從事行紀業務的經紀人，其所從事的業務一般僅爲商事活動。而在間接代理中，代理人沒有主體資格的限制，其代理的範圍不僅包括商事或外貿代理，而且包括一般的民事活動，既可能是有償的也可能是無償的。
綜合上面所說的，間接代理和行紀合同是屬於兩種不同類型的合同，對於此合同所對於主體，還有定性完全是不一樣的，間接代理只要代理人符合規定那麼就可以對委託人處理各事項，而行紀人必須要取得從事行紀業務資格的人才可以辦理，這都是有區別的。
