需要。《印花稅暫行條例》第二條規定，下列憑證爲應納稅憑證，其中就包括貨物運輸合同，所以貨物運輸合同需要繳納印花稅：(一)購銷、加工承攬、建設工程承包、財產租賃、貨物運輸、倉儲保管、借款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的憑證;(二)產權轉移書據;(三)營業賬簿;(四)權利、許可證照;(五)經財政部確定徵稅的其他憑證。
