變更撫養權協議經公證是有效的，而且公證可以讓變更撫養權協議更有法律效力。《中華人民共和國公證法》第三十六條規定：經公證的民事法律行爲、有法律意義的事實和文書，應當作爲認定事實的根據，但有相反證據足以推翻該項公證的除外。
