1、適用範圍不同：農產品進項稅額覈定扣除適用以購進農產品爲原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人。計算扣除適用於其他納稅人直接從農業生產者處購進免稅農產品的情形。2、扣除率不同：農產品進項稅額覈定扣除適用的扣除率是銷售的產成品的稅率，可以是16%，也可以是10%。計算扣除適用於10%。
