工程合同中涉及到的金額很大，涉及到錢的事情肯定是會有糾紛，但工程糾紛可不容易解決，建設工程訴訟時應注意以下幾個問題：
一、承包人非法轉包、違法分包的非法所得，人民法院可以予以收繳。
二、建設工程合同無效，但建設工程經竣工驗收合格的，發包人應當支付工程款。
三、訴訟時效的起算點應從工程實際竣工之日起開始，而不是從雙方約定的竣工日期開始計算。
四、實際施工工程量發生變化，承包人應透過會議紀要、工程洽商記錄、雙方來往的涉及到工程量的函件、郵件等書面檔案舉證。

法律依據：
《民事訴訟法》第六十五條
當事人對自己提出的主張應當及時提供證據。