1、二者包含的範圍不同：
工程竣工結算是指按工程進度、施工合同、施工監理情況辦理的工程價款結算，以及根據工程實施過程中發生的超出施工合同範圍的工程變更情況，調整施工圖預算價格，確定工程項目最終結算價格。它分爲單位工程竣工結算、單項工程竣工結算和建設項目竣工總結算。竣工結算工程價款等於合同價款加上施工過程中合同價 款調整數額減去預付及已結算的工程價款再減去保脩金。
竣工決算包括從籌集到竣工投產全過程的全部實際費用，即包括建築工程費、安裝工程費、設備工器具購置費用及預備費和投資方向調解稅等費用。按照財政部、國家發改委和建設部的有關檔案規定，竣工決算是由竣工財務決算說明書、竣工財務決算報表、工程竣工圖和工程竣工造價對比分析四部分組成。前兩部分又稱建設 項目竣工財務決算，是竣工決算的核心內容。
2、編制人和審查人不同：
單位工程竣工結算由承包人編制，發包人審查;實行總承包的工程，由具體承包人編制，在總承包人審查的基礎上，發包人審查。單項工程竣工結算或建設項目竣工總結算由總(承)包人編制，發包人可直接審查，也可以委託具有相應資質的工程造價諮詢機構進行審查。
建設工程竣工決算的檔案，由建設單位負責組織人員編寫，上報主管部門審查，同時抄送有關設計單位。大中型建設項目的竣工決算還應抄送財政部、建設銀行總行和省、市、自治區的財政局和建設銀行分行各一份。
3、二者的目標不同
結算是在施工完成已經竣工後編制的，反映的是基本建設工程的實際造價。
決算是竣工驗收報告的重要組成部分，是正確覈算新增固定資產價值，考覈分析投資效果，建立健全經濟責任的依據，是反應建設項目實際造價和投資效果的檔案。竣工決算要正確覈定新增固定資產價值，考覈投資效果。
在辦理這類竣工款的結算時，應按照相關的法律規定，簽訂相關的竣工證明纔可以辦理。鞠躬證明應該由施工方、建設方、設計單位、監理單位共同簽訂後，才能合法的辦理相關的竣工證明。我國的建設方，根據工程進度支付這類費用。
