先進行工程竣工驗收，後進行工程竣工結算，最後進行工程竣工驗收備案。
工程竣工驗收是指建設工程依照法律、標準的規定或合同約定從工程設計到施工結束的全過程是否符合各項規定的查驗。工程竣工結算是指施工企業按照合同約定或法律、標準的規定完成所承包的工程，經驗收合格後，向發包單位進行的最終工程款結算。
建設工程竣工驗收備案是指建設單位在建設工程竣工驗收後，將建設工程竣工驗收報告和規劃、公安消防、環保等部門出具的認可檔案或者准許使用檔案報建設行政主管部門審覈的行爲。
先辦理竣工結算在竣工驗收中的不合格，由此而產生的修改費用，是可以包含到竣工結算費用裏面的，該修改費用是由發包方承擔還是承包方承擔要看具體的合同約定。
法律依據《建築法》。
