辦理廈門社保補差檔案需要提交的材料，具體包括：營業執照、稅收登記證以及用人單位在銀行開的帳戶許可證等，在相關辦理機構實行先繳費後補助的辦法進行辦理。首先明確相關補助對象及補助標準，在相關補助機構申請辦理，提交申請補差的材料及手續，協助相關部門辦理社保補差檔案。
(一)補助對象爲：招用本市農村勞動力並按規定辦理就業登記手續、繳納社會保險費的用人單位。
(二)補助標準爲：用人單位以全市上年度社會平均工資的60%爲繳費基數應支付的基本養老保險、基本醫療保險和失業保險費之和與按外來人員繳費標準應支付的基本養老保險、基本醫療保險和失業保險費之和之間的差額給予補助。
(三)申請補差所需提供材料：
1、用人單位的營業執照(非企業用人單位提供組織機構代碼證)原件及加蓋公章複印件(首次辦理提供);
2、用人單位的稅收登記證原件及加蓋公章複印件(首次辦理提供);
3、用人單位在銀行開立的基本帳戶(即開戶許可證)原件及加蓋公章複印件(首次辦理提供);
4、登入地稅網打印近期一個月用人單位繳納“城建稅”、“教育費附加”等稅種的“廈門市地方稅務局電子繳稅憑證”並加蓋單位公章;
5、所招用人員的全國統一版《就業失業登記證》(首次辦理提供) ;
6、《廈門市社保補差申領明細表》一式兩份並加蓋公章;
7、加蓋單位公章和財務專用章的收據(注：市屬用人單位在付款單位欄填寫“廈門市勞動就業管理中心”，付款項目欄填寫“社會保險補差”;其它經辦機構收據如何填寫請向該機構諮詢)。
(四)辦理機構：用人單位(勞務派遣人員符合條件的由用工單位申報)按稅收繳交關係分別向市、區就業中心相關機構提出申請。
(五)辦理時限：本補差實行先繳費後補助的辦法，每季度辦理一次。
二、網上申報操作模組說明
用人單位憑會員號及密碼登入廈漳泉(閩南)人力資源網的企業管理首頁，在左側選單下方的“本市農村社保補差”模組中進行網上申報。
(一)“單位公用資訊”。請正確填寫用人單位公用資訊，並提交。首次申領社保補差的用人單位，在經辦機構經辦人員書面審覈前，隨時可以將公用資訊退回未提交，並進行修改。已經申領過社保補差的用人單位，可以跳過本步驟。如果公用資訊有變更，請與經辦機構聯繫，並進行修改。
(二)“補差申請”。點擊進入“補差申請”後，將出現用人單位上一期已經申報過補差的人員名單，用人單位可依次勾選並正確填寫補差對象類別、申領起始年月、申領截至年月，然後提交本季度的補差明細。與上一期相比，若本季度有新增的人員，則點擊人員名單下方的“新增”按鈕，之後將出現該用人單位新增的符合補差條件的人員名單，用人單位再次勾選並填寫有關資訊後提交。
具體填寫說明如下 ：
⑴補差對象類別：請選擇申報對應機構的社保補差項目。
⑵申領起始年月和申領截至年月：請按季度月份正確填寫，如：1-3月、4-6月、7-9月、10-12月。
(三)“本期已申請補差”。用人單位在補差明細提交後，可透過此模組檢視本期申請的人員名單。若補差明細提交申報後發現有錯誤，可以在該模組內勾選相對應的人員名單，點擊退回重報，然後重新申報。
(四)“補差明細打印”。打印《廈門市社保補差申領明細表》。
(五)“已審覈補差明細”。用於查閱在經辦機構書面審覈透過後的補差明細。
(六)“被退回補差”。用於查閱在經辦機構書面審覈不透過的補差明細，用人單位可勾選後刪除，然後再重新申報。
(七)“每季度補差總額”。用人單位可透過該模組查詢每季度補差金額。
在司法實踐中，廈門市居民辦理社保補差的情況，是需要結合廈門市實際情況，對用人單位招用本市農村勞動力與外來務工人員的社會保險差額由財政予以補助，可以根據相關辦理檔案流程進行辦理，具體情況由社保部門認定。
