1、合同應交由企業檔案管理部門進行歸檔，檔案管理一般爲法務部門或行政部門。爲保穩妥，企業每個合同至少應留存兩份原件，並分別放置兩個地方獨立留存。
2、合同登記的項目應由企業的業務部門與歸檔部門一同彙總，共同完成登記工作。有些企業僅登記合同中的收、付款資訊，這是遠遠不夠的，登記應至少包括對方主體資訊、主要項目內容、本企業合同負責人、對方合同負責人、主要權利義務履行期限、付款節點、收款節點、涉及資產購買的還應進行資產登記。
3、合同歸檔之前進行掃描，留存合同電子版，做到紙質檔案與電子檔案的統一。日後非必須使用原件時，查詢電子版本即可。
4、建立客戶檔案資訊。透過簽署合同得知的客戶資訊進行彙總，方便日後查詢。彙總的資訊應包括客戶主體資訊、聯繫方式、業務成交過程中的重點注意事項等，爲日後客戶回訪及老客戶維護提供資訊支援。
5、建立客戶評價系統。每簽署一份並執行完畢的合同，請客戶對本企業進行評價，以收集自身企業在合作過程中的不足，並進行對應的完善改進工作。
6、定期對合同進行彙總、整理，從不同的角度對合同進行分類、分析。如在藝人經紀公司中，可以按照藝人進行分類，這樣可以彙總每位藝人的業務收支情況、經紀事務發展情況，給每一個藝人團隊的發展提供數據支援;可以按照業務類型分類，這樣可以彙總公司的版權收入、演出收入、製作支出、造型支出，給公司老闆在日後平衡總體收支提供參考;還可以按照經紀業務來源分類，這樣可以看出業務的來源是哪裏，能夠促進銷售體系的完善。根據每個企業情況的不同，可以靈活的、多維度的進行彙總、分析，透過合同來反映企業的經營狀況進而調整公司經營策略。
合同歸檔管理是企業管理的一項重要內容，也是企業爲維護自身的合法權益而採取的必要手段。搞好合同歸檔管理，對於公司經濟活動的開展和經濟利益的取得，都有積極地意義，爲加強合同歸檔管理，避免失誤，提高經濟效益。
其實無論是有限責任公司、股份有限公司還是個人獨資企業，都需要一套配套的公司內部的管理制度，比如說企業對外簽訂合同的管理制度，在企業對外簽訂合同的時候，一般是由法定代表人代表企業簽訂合同的，此時在合同簽訂之後需要及時的歸檔。
