二者區別如下：
一是含義不同；
二是記錄內容不同，訊問筆錄主要記錄被告人的供述或辯解，詢問筆錄主要記錄證人、被害人和知情人所提供的證據、證言；
三是問話對象不同，訊問筆錄的對象是刑事被告人，詢問筆錄只對證人、被害人或知情人適用；
四是適用範圍不同，訊問筆錄適用於刑事案件和治安案件，詢問筆錄則可以適用於刑事案件、民事案件和行政案件。
訊問筆錄是在刑事立案後對犯罪嫌疑人收集證據的刑事偵查手段，因此，製作訊問筆錄一般都是要追究刑事責任（除非查明事實後撤案）。
不論是詢問筆錄和訊問筆錄，只要沒有成立刑事案件或者行政案件，該筆錄都只是調查資料，不會存檔，如果案件成立，就要作爲證據材料存檔。也就是說，是否對將來參軍，錄警以及考公務員影響，取決於案件是否成立。
《刑事訴訟法》第九十四條 逮捕後的處理
人民法院、人民檢察院對於各自決定逮捕的人，公安機關對於經人民檢察院批准逮捕的人，都必須在逮捕後的二十四小時以內進行訊問。在發現不應當逮捕的時候，必須立即釋放，發給釋放證明。
