二者區別在於：
一是納稅人銷售零稅率貨物在稅法規定具有納稅的義務，但由於規定稅率爲零，納稅人無稅可納。而免稅則指國家根據政策的需要，免除納稅人繳納稅款的義務。
二是納稅人銷售零稅率貨物既然有納稅義務，同樣具有抵扣稅額的權利，從形式上表現爲退給納稅人在各個流轉環節已繳納的稅款。而免稅則規定免除納稅人納稅的義務，同時也規定生產銷售免稅貨物不得抵扣進項稅額，即納稅人必須放棄抵扣稅款的權利。
法律依據:
《中華人民共和國稅收徵收管理法》第三條稅收的開徵、停徵以及減稅、免稅、退稅、補稅,依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的,依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定,擅自作出稅收開徵、停徵以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相牴觸的決定。
