自從我國海關實施了知識產權保護法以來，在我國進出境就截獲了許多侵犯了知識產權的貨物，這也很好的保護了知識產權人的權益，同時也維護了對外的貿易秩序。但隨着時間的推移，這份知識產權海關保護制度也存在了一定的問題，它自從頒佈之後一直沒有進行大的修改，在某些方面已經不能適應我國現在只是產權保護的形勢了。
我國的海關保護的知識產權包括商標的專用權、著作權等等，對一些國際貿易有關的產權並沒有保護到，比如地理標誌、商業機密等等。雖說我國海關保護的產權已經超過了邊境措施中的最低要求，但還是需要擴大知識產權的保護範圍的。
對於被截獲的侵犯了知識產權的貨物，我國法律並沒有明確可以對這些貨物實施什麼措施，目前能實際實施的措施只有查驗和扣留、複製和留單的權利，從執法的力度上這些權利不再滿足執法的需要。
有關條例規定對於被截獲的貨物將有一個30個工作日的調查期限，並沒有規定舉證的期限，將造成當事人故意拖延提交證據的時間，導致最後有關部門難以在一定的期限內作出是否侵權的認定，存在一定的執法漏洞。
在海關發現了涉嫌侵權的貨物時，還需要向有關的權利人通知，在權利人收到了通知後的三個工作日內提出扣留申請，海關才能扣留。這導致了海關的執法受到了一定的限制，海關不能及時的扣押涉嫌侵權的貨物。
產生上述的問題主要是因爲我國的《知識產權海關保護制度》產生的歷史背景深深的影響着這部法律條例，但另一方面來說，它又在促進着我國的外向經濟的發展，也改善了我國的國際形象。
