當前，債權憑證制度作爲執行工作方式方法改革的一項新成果， 在實踐中存在以下不足：
首先，法院向申請人發放債權憑證缺乏法律依據。 民事執行的一個基本原則是執行程序與執行措施法定性原則，即執行機構必須嚴格依照法律規定的程序實施執行，必須從法律規定的執行措施中選擇執行方法與手段，不能超越法律規定的程序實施執行，不能採取法律沒有規定的措施實現債權人的債權。目前，我國民事訴訟法及相關法律與司法解釋均沒有規定執行機構或人民法院有權向債權人頒發“債權憑證”以終結執行程序，同時，從民事訴訟法的規定來看，債務人沒有財產可供執行並不是中止或終結執行的法定事由，最高人民法院《關於人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》，也只是將“債務人確無財產可供執行”作爲中止執行的事由，而不是將其作爲終結執行的事由。此外，根據現行法律與司法解釋的規定，人民法院一旦裁定終結執行，執行程序就不能啓動恢復，而“債權憑證”可以作爲執行根據再申請恢復執行，顯然與現行法律的規定相沖突。因此，當債務人確無財產可供執行時，執行機構或人民法院向債權人頒發“債權憑證”並因此終結執行程序的做法是沒有法律依據的，有違執行程序與執行措施的法定性原則。
其次，各地法院對債權憑證制度的規定不統一，可操作性不強。目前，已實行債權憑證制度的法院基於不同的理解，對債權憑證制度的適用範圍、條件、程序、期限等問題規定不盡一致，某些方面還存在衝突，致使各地法院在實施該制度中不能統一。再者，各地法院關於債權憑證制度規定的都比較原則，尤其是沒有具體規定依債權憑證申請執行的程序，造成了在執行實踐中難以操作，也不易於法院內部工作管理。
再次，發放債權憑證的程序過於複雜。法院的強制執行程序與實體審判程序相比不同點，就是案件糾紛已是相對確定，享有債權一方當事人主張權利已經有了法律依據。但發放債權憑證不但要經申請人申請、合議庭合議，而且債權憑證發放後，還要由專人管理，設立債權憑證檔案，一起簡單的債權債務糾紛案件，在審判程序只要獨任審判員一人審理即可作出裁判，而債權憑證的發放程序卻要如此繁瑣。這在本來就繁重的執行工作中，又要投入大量的人力、物力、財力再去確認已經由生效的裁判文書已確認的債權，其結果不僅不能保證最佳的執行效果的實現，反而增加法院不必要的開支，浪費人力資源。
