犯罪分子刑罰的輕重，應當與其所犯罪行相適應。重罪重判，輕罪輕判，罪行相稱，罰當其罪。單位犯罪也不例外，根據我國《刑法》的規定，對單位犯罪實行的是以兩罰製爲主，單罰製爲輔的處罰原則。
1、單位犯罪的兩罰制
我國《刑法》對單位犯罪的處罰絕大多數是採取兩罰制，也就是對單位處以罰金刑，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員處以自由刑或罰金和沒收財產。
對單位判處罰金的，採用的是無限額罰金，也就是對罰金的具體數額未加以明確規定。那麼在司法實踐中，應當根據單位犯罪行爲所造成的危害結果、犯罪情節、手段以及被處罰單位的執行能力等具體情況，酌定考慮適用罰金的數額。對於一次性繳納罰金確有困難的，還可以判令其分期繳納。
對直接負責的主管人員和其他直接負責人員處以刑罰時，主要是以自由刑爲主，當然也有適用罰金和沒收財產的。在適用自由刑時，大部分與個人犯罪的刑罰相同，一部分低於個人犯罪的刑罰。
實行兩罰制是對單位犯罪行爲的綜合性的全面處罰，能夠反映出對單位犯罪的全面否定(既否定單位，又否定作出決策行爲和實施行爲的直接責任人員)，如果法律規定只實行單罰制，將不利於遏制單位犯罪。
2、單位犯罪的單罰制
在我國《刑法》分則中有少量條文對單位犯罪只規定了對單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員進行處罰，對單位不適用刑罰。這是因爲：犯罪雖然是以單位的形式實施的，但實際上社會危害性主要體現在個人的行爲上，如果個人不實施具體的犯罪行爲，也就不會產生這種危害的結果。所以，在一些情況下，只要處罰單位中的直接負責的主管人員和直接責任人員就可以了，而沒有必要在對進行處罰。
