協議離婚是屬於民事行爲，而告重婚罪是屬於刑事行爲，兩者是沒有關聯的，所以協議離婚不會影響重婚罪認定。但是重婚罪屬於自訴案件，且證據收集較爲困難，所以只要發現另一半有重婚行爲，那麼便可以着手準備起訴，若是在協議離婚後再行起訴，一是不利於收集證據，二是會較大影響生活。
任何單位和個人發現有犯罪事實或者犯罪嫌疑人，有權利也有義務向公安機關、人民檢察院或者人民法院報案或者舉報。
被害人對侵犯其人身、財產權利的犯罪事實或者犯罪嫌疑人，有權向公安機關、人民檢察院或者人民法院報案或者控告。
公安機關、人民檢察院或者人民法院對於報案、控告、舉報，都應當接受。對於不屬於自己管轄的，應當移送主管機關處理，並且通知報案人、控告人、舉報人;對於不屬於自己管轄而又必須採取緊急措施的，應當先採取緊急措施，然後移送主管機關。
二、重婚的處理有哪些?
第一，對重婚犯罪人給予法律制裁。
人民法院對構成重婚犯罪要件或符合重婚罪犯罪特徵的重婚犯罪人依法追究其刑事責任。這裏要說明兩點：一是由原配偶自訴請求對重婚犯罪人追究刑事責任;二是原配偶受強制或涉及利害關係沒有提起訴訟而有檢察機關提起公訴，對重婚犯罪人追究刑事責任的。重婚罪雖屬法院直接受理的刑事自訴案件，但重婚罪不單屬告訴才處理的案件。
第二，解除非法婚姻關係。
人民法院對構成重婚罪的被告人，在依法追究其刑事責任的同時，對犯重婚罪而形成的非法婚姻關係，應當宣告予以解除。在程序上，應先處理重婚問題，然後應另外提起民事訴訟再處理離婚、子女撫養、財產侵害等方面的問題。
第三，可以由法院進行調解。
“人民法院對自訴案件，可以進行調解;自訴人在宣告判決前，可以同被告人自行和解或撤回自訴”。這裏所說的調解，只能對刑事部分而言，如原配偶重歸於好，願意繼續在一起過夫妻生活或自訴人得到一定的補償後自願撤回自訴，不再追究重婚犯罪人刑事責任等。此外，對檢察機關提起公訴的重婚犯罪案件，不適用調解。
第四，關於刑事附帶民事訴訟的處理。
有的重婚案件自訴人在提起刑事訴訟的時候，一併提起附帶民事訴訟的。根據刑事訴訟法第三十六條和最高人民法院關於刑事附帶民事訴訟範圍問題的規定，刑事附帶民事訴訟是指被害人由於被告人的犯罪行爲而遭受物質損失的，可在刑事訴訟過程中提起附帶民事訴訟。這與重婚犯罪涉及的民事法律關係不同，因而不能在刑事判決中並處。
所以並不是雙方協議離婚之後就不能夠再告配偶重婚罪了，只要發現配偶在婚內有重婚的行爲，那麼都是可以找到證據告對方重婚罪的，但要注意，如果雙方已經離婚，才發現對方重婚，那麼在上告時需要找到證據證明對方在離婚之前就已經有了這樣的行爲才能夠定罪。
