與搜查工作中的錯誤行爲的界限
例如，偵查人員依法搜查時沒有請見證人到場，或者沒有向被搜查人出示搜查證，搜查婦女身體時不是由女工作人員進行等，屬於合法搜查中的錯誤行爲。
與非法搜查爲手段的其他犯罪的界限
非法搜查罪一般是以目的行爲不構成犯罪(如爲了查找欠物)爲前提的，如果行爲人出於其他犯罪目的(如爲了搶劫)而對他人人身或住宅進行搜查的，應以目的行爲吸收非法搜查行爲，按目的行爲定罪，如定搶劫罪。
與非法侵入住宅罪的界限
兩者常常具有一定的牽連關係。當行爲人非法侵入他人住宅的目的是爲了進行非法搜查時，一般以後一行爲吸收前一行爲，定非法搜查罪。但是，如果前一行爲情節惡劣而後一行爲情節一般，則以前一行爲吸收後一行爲，定非法侵入住宅罪。
與搶劫罪、盜竊罪、侮辱婦女罪等的界限
後面這些犯罪在客觀方面亦可能採取非法搜查的行爲，此時非法搜查僅是實施其犯罪的手段行爲，如盜竊犯罪分子在侵入他人住宅後非法翻箱倒櫃、盜走他人珍貴物品的，就包括了非法搜查的牽連行爲，此時，如果構成他罪的，應擇一重罪即後者定罪科刑。倘若不構成他罪，如非法搜查後僅是盜取少量財物，但情節惡劣構成犯罪的，則可以以本罪論處，而把其他行爲作爲本罪的一個量刑情節予以考慮。
