視情況而定。存疑不起訴不會留下案底，案底只能由人民法院依法判決，如果確實構成犯罪的，人民法院判決生效以後會有案底；存疑不起訴說明行爲人並未被法院定罪，也就是無罪之人，自然沒有案底的。
《刑事訴訟法》第二百條：在被告人最後陳述後，審判長宣佈休庭，合議庭進行評議，根據已經查明的事實、證據和有關的法律規定，分別作出以下判決：
（一）案件事實清楚，證據確實、充分，依據法律認定被告人有罪的，應當作出有罪判決；
（二）依據法律認定被告人無罪的，應當作出無罪判決；
（三）證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
