一、存疑不起訴案底會被儲存嗎?
存疑不起訴是不會有案底的，對犯罪人員資訊進行合理登記和有效管理，既有助於國家有關部門充分掌握與運用犯罪人員資訊，有效防控犯罪，維護社會秩序，也有助於保障有犯罪記錄的人的合法權利，幫助其順利迴歸社會。
二、存疑不起訴的情形有哪些
存疑不起訴，又稱證據不足的不起訴。存疑不起訴是指檢察機關對於經過補充偵查的案件，仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴決定。我國刑事訴訟法第171條第4款規定：對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。而根據我國刑事訴訟法第171條第三款規定的精神，補充偵查的案件應在1個月內補充偵查完畢，補充偵查以兩次爲限。因此，經過兩次補充偵查，對於事實仍未查清、證據不足的案件，人民檢察院可以作出不起訴的決定。案件經過兩次補充偵查，具有下列情形之一，不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任的，屬於證據不足，不符合起訴條件。
(1)據以定案的證據存在疑問、無法查證屬實的。
(2)犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的。
(3)證據之間的矛盾不能合理排除的。
(4)根據證據得出的結論具有其他可能性而無法排除的。
三、決定存疑不起訴注意事項
人民檢察院根據上述情形作出不起訴決定後，如果發現了新的證據，證明案件符合起訴條件時，可以撤銷不起訴決定，提起公訴。對於存疑不起訴應當注意的是，只有案件經過兩次補充偵查後，人民檢察院仍然認爲案件事實不清、證據不足時，纔可以作出不起訴決定。因此，案件經過兩次補充偵查和案件事實不清證據不足，是刑事訴訟法規定的存疑不起訴的必要條件，人民檢察院必須嚴格執行，只有這樣，才能既可以防止放縱犯罪分子，又可以防止久偵不決、久押不放的現象，更好地保護公民的合法權益。
根據以上資訊可以知道，決定存疑不起訴是不會留下案底的，留下案底的主要目的是爲了使得犯罪嫌疑人的犯罪資訊得到整理，繼而使得更多的人免於受到處罰，對於那些不涉及個人隱私的犯罪手法，公安機關在整理這些案底之後就會公佈。
