一、公務員存疑不起訴可以保留公職嗎?
公務員存疑不起訴可以保留公職，《人民檢察院刑事訴訟規則》第405條規定，人民檢察院根據刑事訴訟法第171條第四款規定決定不起訴的，在發現新的證據，符合起訴條件的，可以提起公訴。
存疑不起訴是檢查機關經退回補充偵查後，仍然認爲證據不足，而做出的不起訴決定。如果將來收集到足夠的證據，檢查機關仍然保留起訴的權力，但在那之前，根據“無罪推定”原則，當事人應被視爲無罪，不會因此開除公職。但如果將來再度被起訴並判決有罪，會相應被開除公職。
二、存疑不起訴的情形有哪些
我國《刑事訴訟法》第171條第4款規定：對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。而根據我國刑事訴訟法第171條第三款規定的精神，補充偵查的案件應在1個月內補充偵查完畢，補充偵查以兩次爲限。因此，經過兩次補充偵查，對於事實仍未查清、證據不足的案件，人民檢察院可以作出不起訴的決定。案件經過兩次補充偵查，具有下列情形之一，不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任的，屬於證據不足，不符合起訴條件。
(1)據以定案的證據存在疑問、無法查證屬實的。
(2)犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的。
(3)證據之間的矛盾不能合理排除的。
(4)根據證據得出的結論具有其他可能性而無法排除的。
三、決定存疑不起訴注意事項
人民檢察院根據上述情形作出不起訴決定後，如果發現了新的證據，證明案件符合起訴條件時，可以撤銷不起訴決定，提起公訴。對於存疑不起訴應當注意的是，只有案件經過兩次補充偵查後，人民檢察院仍然認爲案件事實不清、證據不足時，纔可以作出不起訴決定。因此，案件經過兩次補充偵查和案件事實不清證據不足，是刑事訴訟法規定的存疑不起訴的必要條件，人民檢察院必須嚴格執行，只有這樣，才能既可以防止放縱犯罪分子，又可以防止久偵不決、久押不放的現象，更好地保護公民的合法權益。
不管是公務員犯罪，還是其他的普通職員違反了刑事返法律，都是需要先交給公安機關來偵查案件，在偵查結束之後纔可以審查，若是經過多次偵查，依舊被檢察院以證據存在疑惑爲由退回，此時該公務員不僅不會被開除公職，還可以按照正常情形上班。
