當發生行政賠償案件的時候，被告就是做出行政行爲的行政主體。
行政訴訟法關於被告的規定與國家賠償法關於賠償義務機關的規定基本上是一致的，但有些規則又不盡相同。
前者規定，經過複議的案件，複議機關決定維持原具體行政行爲的，作出原具體行政行爲的行政機關是被告，複議機關改變原具體行政行爲的，複議機關是被告；
後者規定，經行政複議機關複議的，最初造成侵權行爲的行政機關爲賠償義務機關，但複議機關的複議決定加重損害的，複議機關對加重的部分履行賠償義務。
對於複議機關維持原具體行政行爲的案件，兩個法律確定被告的規則是相同的。
複議機關變更原具體行政行爲的，可分爲兩種情況：
(1)複議決定沒有加重受害人的損害；
(2)複議決定加重了受害人的損害。
如果把兩個法律的規定結合起來使用就會出現這樣的矛盾；
在前一種情況下，複議機關不履行賠償義務，但是應當作爲被告；
作出原具體行政行爲的行政機關依法不需作被告，但應當履行賠償義務。
行政訴訟法爲一般法律規範，國家賠償法的規定爲特別法律規範。
法院在審理複議決定加重原具體行政行爲的損害的行政賠償訴訟案件時，可以根據國家賠償法規定的精神，以複議機關和作出原具體行政行爲的機關爲共同被告。
在後一種情況下，複議機關應當作被告，但它只對複議決定加重損害的部分履行賠償義務，對原具體行政行爲造成的損害不負責；
作出原具體行政行爲的行政機關應當履行部分賠償義務，但它無權作爲行政賠償訴訟被告參加訴訟。
事實上，這種衝突屬於一般法與特別法的衝突。
法律依據：《最高人民法院關於國家賠償案件立案工作的規定》
第一條
本規定所稱國家賠償案件，是指國家賠償法第十七條、第十八條、第二十一條、第三十八條規定的下列案件：
(一)違反刑事訴訟法的規定對公民採取拘留措施的，或者依照刑事訴訟法規定的條件和程序對公民採取拘留措施，但是拘留時間超過刑事訴訟法規定的時限，其後決定撤銷案件、不起訴或者判決宣告無罪終止追究刑事責任的;
(二)對公民採取逮捕措施後，決定撤銷案件、不起訴或者判決宣告無罪終止追究刑事責任的; (三)二審改判無罪，以及二審發回重審後作無罪處理的;
(四)依照審判監督程序再審改判無罪，原判刑罰已經執行的; (五)刑訊逼供或者以毆打、虐待等行爲或者唆使、放縱他人以毆打、虐待等行爲造成公民身體傷害或者死亡的;
(六)違法使用武器、警械造成公民身體傷害或者死亡的; (七)在刑事訴訟過程中違法對財產採取查封、扣押、凍結、追繳等措施的;
(八)依照審判監督程序再審改判無罪，原判罰金、沒收財產已經執行的;
(九)在民事訴訟、行政訴訟過程中，違法採取對妨害訴訟的強制措施、保全措施或者對判決、裁定及其他生效法律文書執行錯誤，造成損害的。
