第一，提出的主體不同。自訴是當事人自己或其法定代理人，近親屬提起的訴訟。公訴是檢察院依職權主動提起的訴訟。
第二，自訴案件分爲三類，告訴才處理的案件，有證據證明的輕微刑事案件，有證據證明應當追究被告刑事責任，而檢察機關不予追究。除此之外的刑事案件，均爲公訴案件。
【法律依據】
《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百六十九條：凡需要提起公訴的案件，一律由人民檢察院審查決定。
《中華人民共和國刑事訴訟法》第二百一十條：自訴案件包括下列案件：
(一)告訴才處理的案件;
(二)被害人有證據證明的輕微刑事案件;
(三)被害人有證據證明對被告人侵犯自己人身、財產權利的行爲應當依法追究刑事責任，而公安機關或者人民檢察院不予追究被告人刑事責任的案件。
