醫療事故次要責任的賠償比例是承擔全部損失的20~40%。《醫療事故處理條例》第四十九條規定，醫療事故賠償，應當考慮下列因素，確定具體賠償數額：（一）醫療事故等級；（二）醫療過失行爲在醫療事故損害後果中的責任程度；（三）醫療事故損害後果與患者原有疾病狀況之間的關係。不屬於醫療事故的，醫療機構不承擔賠償責任。
