計算單位的自建房拆遷的補償時，就是被拆除房屋建安重置單價結合成新、同區域新建多層商品住房每平方米建築面積的土地使用權基價、價格補貼的總和再乘以被拆除房屋的建築面積的總數。
二、房屋的補償安置方式
1、被徵地的村或者村民小組建制撤銷的補償安置
(1)可以選擇貨幣補償，也可以選擇與貨幣補償金額同等價值的產權房屋調換。
(2)貨幣補償金額計算公式爲：(被拆除房屋建安重置單價結合成新 同區域新建多層商品住房每平方米建築面積的土地使用權基價 價格補貼)×被拆除房屋的建築面積。
(3)被拆除房屋評估如選用重置法的，按重置單價結合成新，由徵地單位委託具有房屋拆遷評估資格的房地產估價機構評估;同區域新建多層商品住房每平方米建築面積的土地使用權基價及價格補貼標準，由被拆除房屋所在地的市、縣人民政府根土地市場的實際情況制定並公佈。
2、被徵地的村或者村民小組建制不撤銷的補償安置：
(1)對未轉爲城鎮戶籍的被拆遷人應當按下列規定予以補償安置：
(2)具備易地建房條件的區域，可以在鄉(鎮)土地利用總體規劃確定的中心村或居民點範圍內申請宅基地新建住房，並獲得相應的貨幣補償;
(3)貨幣補償金額計算公式爲：(被拆除房屋建安重置單價結合成新 價格補貼)×被拆除房屋的建築面積; 被拆遷人使用新宅基地所需的費用，由建設單位支付給被徵地的村或者村民小組。被拆遷人申請宅基地新建房屋的審批程序，按照國家和當地農村住房建設的有關規定執行。
(4)不具備易地建房條件的區域，可以選擇貨幣補償，也可以選擇與貨幣補償金額同等價值的產權房屋調換。被拆遷人不得再申請宅基地新建住房。其原則應當是使被拆遷人的居住水平不因拆遷而降低。
3、拆遷房屋其他補償項目： 律師應瞭解並告知當事人，還應當補償被拆遷人搬家補助費、設備遷移費、過渡期內的臨時安置補助費，並自過渡期逾期之日起增加臨時安置補助費。
綜上所述，單位的自建房由於最初是由單位自己出錢建造的，其地段還是房屋的價值都是和當初單位出資的情況相對應的，面對政府的拆遷時所能夠得到的補償也是和當地其他房屋是一致的，在計算的時候還是必須要考慮到自建房的面積和當地的房屋價格。
