處理此類問題的依據是：《土地管理法實施條例》第二十六條規定：“土地補償費歸農村集體經濟組織所有;地上附着物及青苗補償費歸地上附着物及青苗的所有者所有。徵收土地的安置補助費必須專款專用，不得挪作他用。需要安置的人員由農村集體經濟組織安置的，安置補助費支付給農村集體經濟組織，由農村集體經濟組織管理和使用;由其他單位安置的，安置補助費支付給安置單位;不需要統一安置的，安置補助費發放給被安置人員個人或者徵得被安置人員同意後用於支付被安置人員的保險費用。”
《國務院關於深化改革嚴格土地管理的決定》(國發[2004]28號)規定：“省、自治區、直轄市人民政府應當根據土地補償費主要用於被徵地農戶的原則，制訂土地補償費在農村集體經濟組織內部的分配辦法。”
《國土資源部關於開展制訂徵地統一年產值標準和徵地區片綜合地價工作的通知》(國土資發[2005]144號)規定：“徵地區片綜合地價(以下簡稱徵地區片價)是指在城鎮行政區土地利用總體規劃確定的建設用地範圍內，依據地類、產值、土地區位、農用地等級、人均耕地數量、土地供求關係、當地經濟發展水平和城鎮居民最低生活保障水平等因素，劃分區片並測算的徵地綜合補償標準，原則上不含地上附着物和青苗的補償費。”
2010年《國土資源部關於進一步做好徵地管理工作的通知》規定：“徵地批後實施時，市縣國土資源部門要按照確定的徵地補償安置方案，及時足額支付補償安置費用;應支付給被徵地農民的，要直接支付給農民個人，防止和及時糾正截留、挪用徵地補償安置費的問題。”
處理此類問題應當把握的原則是：一是國家現有法律法規對被徵收的農村集體土地的補償，規定了對土地所有權人和土地承包經營權人、土地使用人的分別補償。目前的補償原則是土地補償費主要用於被徵地農戶。二是實行區片綜合地價後，對土地所有權人和土地承包經營權人做了更加明確的規定，要求應支付給被徵地農民的補償費，要直接支付給農民個人。
