土地承包合同違約金由轉讓人和受讓人協商確定，協商時約定違約金的具體數額，在轉讓協議中載明。
最高院的司法解釋規定，違約金最高不得超過合同標的的20%，土地承包合同違約金上限超過部分將得不到法院支援。
《民法典》第585條第2款規定：約定的違約金低於造成的損失，當事人可以請求法院予以增加;約定的違約金過分高於造成的損失，當事人可以請求法院適當減少。但是違約金是當事人雙方在訂約時對一方違約後可能造成的損失的一種預先估算，與違約後守約方的實際損失不可能完全相符;故此可交由法官自由裁量。
法律規定預定違約金，除了給當事人施加心理壓力外，也避免了違約後損失計算的麻煩和當事人證明損失大小的麻煩，使當事人能迅速確定自己應當承擔的具體責任。因此，當事人如需要法院增加違約金額、或者當違約金過分高於損失時，則需承擔證明損失大小的責任。
從《民法典》的基本原則“平等、自願、公平、誠實信用”等方面上講，一般認爲只要約定的違約金數額扣除實際損失後，其餘款不超過主合同總金額的20%;就應當不屬於“過分高於”的情況。
另外，《民法典》第119條規定：依法成立的合同，對當事人具有法律約束力。這是意思自治在法律上的效力，故此合同一旦有效成立，當事人必須受合同約束。現在我國基本處於市場經濟，所以現行法律沒有對違約金的數額進行限制，在當事人的意思自治不違背有關法律法規禁止性規定的情況下，應予以尊重並應受法律保護。而違約金具有懲罰性也是理所當然，如果不對違約方懲罰，法律對守約方就沒有任何鼓勵和保護了。
所以如果當事人雙方是約定了土地承包合同的賠償金，那麼當發生糾紛或者是有其中一方違約時，可以直接按照這個約定中的數額來進行賠償。但如果雙方因爲約定的數額產生了糾紛，那可以直接請法院來進行判定，法院會根據當事人具體的損失的比例來進行判處。
