合法的。政府可以透過決定、命令進行土地徵收的，這個是法定權利。《土地管理法》第三十五條永久基本農田經依法劃定後，任何單位和個人不得擅自佔用或者改變其用途。國家能源、交通、水利、軍事設施等重點建設項目選址確實難以避讓永久基本農田，涉及農用地轉用或者土地徵收的，必須經國務院批准。禁止透過擅自調整縣級土地利用總體規劃、鄉（鎮）土地利用總體規劃等方式規避永久基本農田農用地轉用或者土地徵收的審批。
