因搬遷引發的矛盾大多集中在徵收補償的標準和補償是否公平的問題上。徵收補償是各方高度關注的問題。《徵收條例》規定，徵收個人住宅，被徵收人符合住房保障條件的，作出房屋徵收決定的市、縣級人民政府應當優先給予住房保障。這就意味着，如果被徵收人符合住房保障條件，徵收程序啓動以後，被徵收人可以優先享受住房保障，這也充分體現了《物權法》中徵收個人住宅應當保障其居住條件的精神。
一、房屋徵收補償標準的具體規定
《徵收條例》以及依據此條例制定的《國有土地上房屋徵收評估辦法》是城市房屋徵收補償中房屋價值評估的依據所在。
《徵收條例》第19條明確規定，對被徵收房屋價值的補償，不得低於房屋徵收決定公告之日被徵收房屋類似房地產的市場價格。條例第17條第1款在確定徵收補償的內容時，以房屋價值爲基礎進行設計;第18條住宅被徵收的，被徵收人可以優先獲得住房保障的規定;第21條關於被徵收可以選擇房屋產權調換補償方式的規定等，在一定程度上以房屋置換的方式整體補償了被徵收人所受的全部損失。《國有土地上房屋徵收評估辦法》第30條指出，被徵收房屋的類似房地產是指被徵收房屋的區位，用途，權利性質，檔次，新舊程度，規模，建築結構等相同或者相似的房地產，被徵收房屋類似房地產的市場價格是被徵收房屋的類似房地產在評估時點的平均交易價格，確定被徵收房屋類似房地產的市場價格，應當考慮偶然的和不正常的因素。
《徵收條例》第19條規定，被徵收房屋的價值由具有相應資質的房地產價格評估機構按照房屋徵收評估辦法評估確定。相對於過去的《拆遷管理條例》，徵收條例對補償制度作了重大完善，從而使搬遷更加公平。以市場價格作爲補償標準，不僅包括對房屋的補償，也包括對土地使用權的補償，對保證被徵收人的居住條件、生活水平具有重要意義，使得被徵收人的基本利益得到保障。
二、《徵收條例》規定的補償標準應當注意的問題
《徵收條例》在房屋徵收補償標準的確定上，也存在亟待商榷之處。
首先，徵收個人住宅時，優先給予符合住房保障條件的被徵收人住房保障，這一規定旨在給予被徵收人一種生活住房保障權，並非免費給予其住房。被徵收人必須按照統一購房價格向政府買房。由此《徵收條例》第18條只是賦予了被徵收人一種優先購買權。至於被徵收人在房屋被徵收之後能否買的起住房，則取決於其所能獲得徵收補償額或其經濟能力。在此情況下，被徵收房屋的補償標準則成爲被徵收能否實現優先購買權的關鍵。
其次，《徵收條例》第21條雖然規定 “被徵收人可以選擇貨幣補償，也可以選擇房屋產權調換”，但從其第2、3款的規定看，無論是因舊城區改建徵收個人住宅，還是因其他情況徵收個人住宅，市、縣級人民政府雖然應當提供用於產權調換的房屋，但其可與被徵收人計算、結清被徵收房屋價值用於產權調換房屋價值的差價。這說明房屋產權調換作爲一種徵收補償方式，同樣要以被徵收房屋的價值評估和補償爲基礎。
《徵收條例》概括規定了被徵收房屋價值補償的標準的確定，具體規定了被徵收房屋價值的評估者、評估辦法、對評估結果異議存在異議時的複議、鑑定制度。這些程序性的規定固然必不可少，但被徵收房屋價值的補償標準則最爲重要。
