一、土地性質不同
棚戶區改造房土地屬於國家劃撥的，屬於經適房的一種，上市交易需要滿足一定的條件。而商品房的土地是開發商有償購買的，開發商可自行規定其價格並出售。
二、法律適用不同
房屋拆遷適用於《土地管理法》的相關規定。而對於棚改區，因爲其屬於國有土地，所以適用於《國有土地上房屋徵收與補償條例》的相關規定。
三、補償標準不同
棚戶區改造是政府爲了改造城鎮內的危舊住房推出的一項工程，補償的費用通常比較低；而商品房拆遷賠償是拆遷人對於被拆遷人所給予的補償，補償費用比較高，通常補償額度等同於所拆遷房的市場價值。
《國有土地上房屋徵收與補償條例》第二條 爲了公共利益的需要，徵收國有土地上單位、個人的房屋，應當對被徵收房屋所有權人（以下稱被徵收人）給予公平補償。
