用人單位與勞動者訂立保密協議時，如未同時訂立競業限制協議，不能約定違約金，雖可主張損害賠償，但舉證難度大，不易於操作。因此，爲了保護用人單位的合法權益，在與勞動者訂立保密協議時，建議同時訂立競業限制協議，這樣可以在協議中約定違約金。
商業祕密指不爲公衆所知悉，能爲用人單位帶來經濟利益，具有實用性並經用人單位採取保密措施的技術信息和經營信息。不爲公衆所知悉，是指該信息是不能從公開渠道直接獲取的。能爲權利人帶來經濟利益、具有實用性，是指該信息具有確定的可應用性，能爲權利人帶來現實的或者潛在的經濟利益或者競爭優勢。採取保密措施，包括訂立保密協議，建立保密制度及採取其他合理的保密措施。技術信息和經營信息，包括設計、程序、產品配方、製作工藝、製作方法、管理訣竅、客戶名單、貨源情報、產銷策略、招投標中的標底及標書內容等信息。
《勞動法》第22條規定，勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守用人單位商業祕密的有關事項。《勞動合同法》第23條規定，用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業祕密和與知識產權相關的保密事項。
訂立保密協議可以在勞動合同中直接約定保密條款，也可以與有關知識產權權利歸屬協議或競業限制協議合訂爲一個合同，也可以單獨簽訂保密協議。簽訂保密協議，應當遵循公平、合理的原則，保密協議的主要內容一般包括：保密的內容和範圍、用人單位和勞動者雙方的權利和義務、保密期限、侵犯商業祕密的賠償責任等。保密協議可以在勞動者入職時簽訂，也可以在入職後協商簽訂。對拒不簽訂保密協議的勞動者，用人單位有權不予聘用。但是，保密協議不得違反法律、法規規定，協議條款所確定的雙方權利義務不得顯失公平。
