（一）區分本罪與徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口退稅罪的界限
兩者的區別主要有以下幾個方面：
1、主體不同。違法提供出口退稅憑證罪的主體是稅務機關以外的其他國家機關工作人員，主要是海關等國家機關的工作人員。徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口退稅罪的主體僅限於稅務機關工作人員。
2、客觀方面不同，違法提供出口退稅憑證罪的客觀方面主要表現爲行爲人爲徇私情私利，違反國家規定，非法提供出口貨物報關單、出口收匯覈銷單等出口退稅憑證，致使國家利益遭受重大損失的行爲。徇私舞弊發售發票、抵扣稅款、出口退稅罪的客觀方面包括三種形式，即徇私辦理髮售發票、徇私辦理抵扣稅款、徇私辦理出口退稅。違法提供出口退稅憑證罪的客觀方面與徇私舞弊發售發票、抵扣稅款罪相比，比較容易區分，在此不再贅述，違法提供出口退稅憑證罪與徇私舞弊出口退稅罪相比，其區別主要表現爲：一是行爲發生的階段不同，違法提供出口退稅憑證的行爲一般發生在辦理出口退稅前；徇私辦理出口退稅往往發生在辦理出口退稅過程中，並以僞造或非法提供的出口退稅憑證爲前提，二是行爲發生的部門不同。違法提供出口退稅憑證罪發生在稅務機關以外的其他國家機關；徇私舞弊出口退稅則發生在稅務機關在辦理出口退稅的工作之中。三是行爲的方式不同。前者是徇私提供出口退稅憑證；後者是徇私辦理出口退稅。
（二）區分本罪與騙取出口退稅罪的界限
騙取出口退稅罪是指以假報出口或者其他欺騙手段，騙取國家出口退稅款，數額較大的行爲。它與本罪的區別主要有：
1、犯罪主體不同。騙取出口退稅罪的主體是一般主體。違法提供出口退稅憑證罪的主體則爲稅務機關以外的其他國家機關工作人員。
2、客觀方面不同。騙取出口退稅罪的客觀方面表現爲假報出口或者以少報多、以劣報優或以其他欺騙手段，騙取國家出口退稅款。違法提供出口退稅憑證罪的客觀方面表現爲行爲人徇私舞弊，非法提供出口貨物報關單、出口收匯覈銷單等出口退稅憑證。
3、侵犯的客體不同，騙取出口退稅罪侵犯的客體是國家的稅收管理秩序，違法提供出口退稅憑證罪侵犯的客體不僅是國家的稅收管理秩序，同時還侵犯了國家機關的正常管理活動。
