合夥合同糾紛結算債權債務可以按約定的來處理，如果處理不好就可以走訴訟的程序進行解決；
合夥合同糾紛是由於合夥和合夥企業由多人蔘加，合夥人處於一種平等的地位，有時經營策略和主張不同，加之爭盈避虧，易發生分岐。特別是有的合夥或合夥企業沒有合夥協議或合夥協議太簡單，許多重大事項沒有約定或約定不明確，也易發生糾紛。無論是合夥的內部糾紛，還是合夥企業的內部糾紛，都可以稱之爲合夥協議糾紛。
二、如何正確處理合夥協議糾紛？
1、掌握合夥的最本質特徵。
個人合夥是指兩個以上公民按照協議，各自提供資金、實物、技術等合夥經營、共同勞動。並要求合夥人對出資數額、盈餘分配、債務承擔、入夥、退夥、合夥終止等事項，訂立書面協議。合夥的債務，由合夥人按照出資比例或者協議的約定，以各自的財產承擔清償責任。
2、合夥協議不允許約定一部分人只享受利益，不承擔風險。
《合夥法》第三十三條規定，“合夥企業的利潤和虧損，由全體合夥人依照合夥協議約定的比例分配和分擔;合夥協議末約定利潤分配和虧損分擔比例的，由各合夥人平均分配和分擔。合夥協議不得約定將全部利潤分配給部分合夥人或者由部分合夥人承擔全部虧損。”
3、合夥人退夥，必須經過全體合夥人同意，如果不經同意，因退夥給合夥人造成損失的要賠償。
4、全體合夥人對合夥的外部債務承擔連帶責任。
也就是說合夥對外有債務時，以合夥財產承擔，合夥財產不足以清償債務時，全體合夥人以自己個人財產承擔責任。
5、合夥投入合夥的財產和合夥積累的財產歸全體合夥人共有，共同管理，共同經營。
6、合夥的經營活動由全體合夥人共同決定，合夥人有執行和監督的權利。
7、合夥人散夥時在清理完各種稅款後，清理對外債務，仍有剩餘時，退還各自投資，還有財產時分取利潤。
綜合上面所說的，合夥合同糾紛發生之後如果要對債權債務進行結算，那麼是需要由雙方來進行協商，有約定的按約定處理，如果沒有編外定的按法定的條款處理，確實協商不好也可以透過訴訟的方式處理，只要有合法的證據就可以更好的解決。
