1、權利屬性不同。著作權具有人身權和財產權雙重屬性;而專利權和商標權只是一種財產權不具有人身權的屬性。
2、權利授予的機關不同。著作權的取得自作品創作完成時自動取得，不需要向任何機關申請登記即取得著作權;專利權由國家知識產權局授予;商標權由國家商標局授予。
3、保護的條件不同。著作權法保護的作品要求具有獨創性，禁止抄襲和剽竊他人作品;專利權要求授予最先申請人，對申請專利的發明創造要求具有首創性;商標權獲得註冊的前提條件是商標要具有識別性。
4、適用領域不同。著作權法保護的作品適用的領域較廣泛，主要涉及文學、藝術和科學領域。而專利權和商標權主要發生在工農業和商業領域中。
5、權利保護期不同。著作權的財產權和人身權中的發表權的保護期爲作者終生加上死亡後50年，期滿該作品進入公有領域;專利權中發明專利的保護期是20年，實用新型和外觀設計的保護期是10年，自申請之日起計算。商標權的保護期爲10年，自核準註冊之日起計算，期滿可以續展，續展的次數不受限制。
6、商標和專利的客體不同：專利保護技術內容，包括髮明、使用新型、外觀設計。商標保護商標本身，比如圖形、文字、它們的組合或者立體商標。
7、商標和專利的保護內容不同：專利保護不得製造、使用、許諾銷售、銷售、進口同該專利相同或近似的產品。商標保護不得在同類商品上註冊相同的商標，如果受保護的是馳名商標，他人即使是不同類商品也不能標註馳名商標。
8、商標和專利的申請程序不同：專利要向國家知識產權局專利局申請，經過初步審查(新型和外觀)和實質審查(發明)，最終授予專利權。商標向國家工商總局商標局申請，經過初步審查，公告無異議後覈准註冊。
以上就是我國法律上對於商標著作權和商標專利權的認定和處理情況，對於兩種不同的權利，應當根據申請著作權和專利權時的認定情況而定，在兩者存在衝突時，可以按照商標的在先使用權利原則來進行判定。
