房地產企業收到政府給予的拆遷補償款，主要涉及企業所得稅、土地增值稅和營業稅。按照稅法規定，3個稅種對該項補償款的稅收處理是不同的。
一、企業所得稅處理
在企業所得稅處理方面，政府補償款項屬於財政性資金，視爲收入處理不衝減相關成本費用。稅務上要判斷該項政府補助是否屬於不徵稅收入，如爲不徵稅收入，收到當期不計入當期應納稅所得額，但該項收入所形成的成本費用支出也不能稅前扣除。如不屬於不徵稅收入，則應在收到當期計入當期應納稅所得額徵稅，其支出形成的成本費用也可以按稅法規定稅前扣除。
關於上述企業所得稅的處理問題，《財政部、國家稅務總局關於專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》(財稅[2009]87號)規定，對企業在2008年1月1日至2010年12月31日期間從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作爲不徵稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：(一)企業能夠提供資金撥付檔案，且檔案中規定該資金的專項用途;(二)財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求;(三)企業對該資金以及以該資金髮生的支出單獨進行覈算。上述不徵稅收入用於支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除;用於支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。檔案同時規定，企業將符合規定條件的財政性資金作不徵稅收入處理後，在5年(60個月)內未發生支出且未繳回財政或其他撥付資金的政府部門的部分，應重新計入取得該資金第六年的收入總額;重新計入收入總額的財政性資金髮生的支出，允許在計算應納稅所得額時扣除。
二、土地增值稅處理
在土地增值稅的處理上，該項500萬元拆遷補償收入應該是衝減拆遷補償支出，而不是單獨作爲企業的營業外收入處理。也就是說，該項收入不作爲土地增值稅徵稅收入，但是要衝減開發成本中的補償支出，從而減少計算土地增值稅時的扣除項目金額。
關於上述土地增值稅的處理問題，《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條規定，計算增值額的扣除項目，具體爲：開發土地和新建房及配套設施的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本，包括土地徵用及拆遷補償費、前期工程費、建築安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。檔案對土地徵用及拆遷補償費項目範圍明確爲：包括土地徵用費、耕地佔用稅、勞動力安置費及有關地上、地下附着物拆遷補償的淨支出，安置動遷用房支出等。房地產企業拆遷補償費用全部支出雖然可以作爲開發成本，但稅法規定的是“淨支出”，也就是全部補償支出減除拆遷過程中的各種收入後的實際淨支出，因此，政府給予企業的拆遷補償款應從企業實際發生的拆遷補償支出中扣除。
三、營業稅處理
拆遷補償收入是否繳納營業稅，要視不同情況處理。如果房地產企業徵地後自行負責拆遷，而不是受政府委託，其取得的政府補助收入，不屬於營業稅應稅收入，不需要繳納營業稅。如果企業是受政府或其相關部門委託進行拆遷，其取得的拆遷補償收入，則屬於營業稅中的“服務業——代理業”收入，應就其代理差額收入繳納營業稅。
關於上述營業稅處理政策問題，《國家稅務總局關於政府收回土地使用權及納稅人代墊拆遷補償費有關營業稅問題的通知》(國稅函[2009]520號)第二條規定，納稅人受託進行建築物拆除、平整土地並代委託方向原土地使用權人支付拆遷補償費的過程中，其提供建築物拆除、平整土地勞務取得的收入應按照“建築業”稅目繳納營業稅;其代委託方向原土地使用權人支付拆遷補償費的行爲屬於“服務業——代理業”行爲，應以提供代理勞務取得的全部收入減去其代委託方支付的拆遷補償費後的餘額爲營業額計算繳納營業稅。
政府爲了公共利益的需要，有時會需要徵用私人的房屋、土地，甚至會徵收個人的財產。爲了顯示公平，被徵收者、房屋被拆遷者會獲得補償。對於房地產企業拆遷補償費稅務處理來說，獲得補償款的法人所要繳納的稅收有三個不同的稅種，每個稅種所要繳納的稅額也是不盡相同的。
