( 一)立法上存在着漏洞
規範有序的企業合併需要有健全的法律法規作爲配套。雖然企業合併在我國已經有相當一段時間的歷史，在現階段更是成了國有企業改革的一項重要措施。但是關於企業合併的法律法規依然很不健全。現行有關合並的立法對合並的很多制度沒有做出規定，有關合並的許多規定只是散見於《公司法》、《破產法》等法律法規之中。如全民所有制工業企業法、集體企業條例等對合並的形式、合併的效力、合併的具體程序、合併的債權人的保護等重要的制度未做出規定。就是對合並規定較多的公司法，也缺乏對一些主要問題的規定，例如合併合同、合併中異議股東的保護、合併對價與合併支付金、簡易合併等。此外，我國至今還沒有反壟斷立法，很難防止在合併中壟斷問題的產生。
(二)立法不統一甚至相互矛盾
在我國，企業按照不同的類型分別使用不同的企業立法。而企業合併立法又含在相應企業立法中，這就造成了企業合併分別立法。這種分別立法缺乏協調，造成不統一，甚至相互矛盾。這種混亂主要表現在以下幾個方面：(1)企業合併的概念、形式的差異。公司法規，公司合併形式爲吸收合併和新設合併，吸收合併中，一方公司解散，另一方公司存續;新設合併中，合併各方解散。適用於非公司制國有企業的部門檔案《關於企業兼併的暫行辦法》中則規定，企業兼併“是指一個企業購買其他企業的產權，使其他企業失去法人資格或者改變法人實體的一種行爲。”顯然這裏的“兼併”除了公司法規定的兩種合併外，還包括吸收合併的內容。另外該《暫行辦法》還規定企業兼併包括承擔債務式、購買式、吸收股份式、控股式等五種形式。立法對合並性質、形式的不同規定，使人們對合並的理解產生歧義，導致了合併事務中合同條款概念的模糊。(2)企業合併的決定、審批規定的差異等。有些規定缺乏合理性。從平衡合併有關利害關係人利益，兼顧公平與效率的原則考慮，現行涉及合併的主要法律——公司法的有些規定尚有不合理因素。例如，關於平衡股東之間的利益，一是沒有簡易合併的規定，這不利於對多數股東的保護和合並的效率的提高;二是沒有保護異議股東(即異議股東股份回購請求權)的規定，這又不利於對少數股東的保護和合並公平的原則。又如，關於債權的保護程序，規定了過於繁瑣的合併公司公告程序和過於嚴格的債權人異議效力，這不利於合理平衡債權人和股東的利益，也不利合併的邊界和效率。
(三)市場不完善，中介機構不發達，政府的行政干預過多，企業合併機制難以真正發揮作用
企業合併中，一些政府行爲是必要的。因爲在現行體制下，許多行爲完全由企業自己完成還缺少相應的機制，政府可以在一定程度上推動企業合併。但是，目前企業合併中政府盲目干預過多，一些企業主管部門強制企業合併，“拉郎配”，這嚴重違反了企業合併的基本經濟規律。造成這種局面的一個原因就在於企業產權交易市場不健全。企業合併時以市場爲依託進行的，其本身也是資本運動。沒有發達開放的產權交易市場和資本市場，企業合併必然十分困難。同時，中介機構對於企業合併也起着非常重要的作用，企業兼併通常需要有業務水平高的中介機構介入，爲兼併雙方提供資訊和諮詢，牽線搭橋，提供資金支援。我國目前在企業合併中中介機構的參與十分有限，主要表現在：資訊量少，諮詢服務功能不強;人員業務素質低;中介機構的主要業務侷限在財務審計、資產評估和法律諮詢上。針對此現狀，應當加大力度完善產權交易市場、資本市場，培育和發展中介機構，確保企業合併的順利進行。
