一、分公司蓋合同專用章的合同有效嗎?
有效的，一般而言，分公司在總公司授權範圍內所進行的經營合同，基本上都是有效的。因此，在與分公司簽訂相關合同時，作爲合同相對方，一定要審查分公司的總公司對其出具的授權委託書，明白總公司是否授權其對外簽訂合同，以及授權的額度。
《民法通則》第六十六條規定：“沒有代理權、超越代理權或者代理權終止後的行爲，只有經過被代理人的追認，被代理人才承擔民事責任。”
《合同法》第四十八條也規定：“行爲人沒有代理權、超越代理權或者代理權終止後以被代理人名義訂立的合同，未經被代理人追認，對被代理人不發生效力，由於爲人承擔責任。相對人可以催告被代理人在一個月內予以追認。被代理人未作表示的，視爲拒絕追認。合同被追認之前，善意相對人有撤銷的權利。撤銷應當以通知的方式作出。”
由此可見，在分公司沒有總公司的授權或超出總公司的授權的情況下，分公司對外所簽訂的合同是效力待定的合同，而不是無效合同。如果總公司追認的，則爲有效;否則爲無效。
如果合同相對方有充分的理由相信分公司有代理權的，則合同爲有效，此時適用《合同法》表見代理制度。《合同法》第四十九條規定：“行爲人沒有代理權、超越代理權或者代理權終止後以被代理人名義訂立合同，相對人有理由相信行爲人有代理權的，該代理行爲有效。
二、分公司和總公司之間的區別有哪些?
1、分公司不是獨立的法人，總公司是獨立的法人。分公司是法人的派出機構，不能獨立地享受權利和承擔義務。
2、分公司經營所得屬於總公司，而不屬於分公司自有。
3、分公司對外所欠債務和法律責任也歸屬於總公司，不能自行獨立承擔責任，所發生的債權債務風險應當由總公司承擔。
4、分公司可以在總公司的授權範圍內以自已的名義開展業務活動，或代表公司進行訴訟。這是分公司和總公司內部職能部門的區別。
分公司只是屬於總公司的分支機構所以其生產經營都必須要由總公司進行確定，總公司可以參與其的運營以及決策等，但是子公司就不同，子公司是一個獨立的法人機構，母公司不參與子公司的一切事務，在子公司中只是作爲一個投資者的角色。
