法院在確定侵犯商業祕密的實際損失時，應充分考慮各方面的因素，並採取以下4種方式計算賠償數額：
1、以商業祕密權利人因侵權行爲遭受的損失爲賠償額。這種賠償的計算方式要求侵害人對於商業祕密權利人可計算的財產、收入方面的損失，應全部予以賠償。
通常主要分爲三個方面：
(1)研製開發成本，包括：花費的時間、金錢和付出的努力等，必須將該部分成本計入實際損失。
(2)現實利益損失。使用商業祕密正在給權利人帶來的利益，涉及到生產成本的降低、銷售額的提高、利潤率的增加等，所以侵犯商業祕密造成權利人現實利益的喪失屬於實際損失。
(3)最後是將來的競爭優勢，即權利人對將來利益的合理預期。因爲披露而使商業祕密喪失，或者不易於責令停止侵權行爲的情況，將來競爭優勢的喪失往往是實際損失的組成部分。確定此種損失應當考慮商業祕密的價值、利用週期的長短、市場競爭的程度、市場前景的預期等。當然，如果涉案的商業祕密尚未被公衆所知悉，則權利人因被侵權所受到的損失可以根據商業祕密權利人使用商業祕密製造、銷售的產品因侵權所造成銷售量減少的總數乘以每件產品的合理利潤所得之積計算。
權利人銷售量減少的總數難以確定的，侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件產品的合理利潤所得之積可視爲權利人因被侵權所受到的損失。
2、以侵權人因侵權行爲獲得的利潤爲賠償額。侵權人因侵權所獲得的利益可以根據該侵權產品在市場上銷售的總數乘以每件侵權產品的合理利潤所得之積計算。侵權人因侵權所獲得的利益一般按照侵權人的營業利潤計算，對於完全以侵權爲業的侵權人，可以按照銷售利潤計算。具體來說，對於違法將商業祕密出賣給他人的，以其違法、出賣的收入爲賠償額;對於違法使用商業祕密進行生產經營活動的，以其獲得或增加的利潤爲賠償額。商業祕密權利人的損失往往難以計算，法院通常以侵權人所獲得的利潤作爲裁判的依據。在計算侵權人侵權期間因侵權所獲得的利潤時，不能簡單地以銷售額爲獲利額，也不能以已生產的產品的價格總額乘以平均利潤率爲獲利額，應當以“銷售額×平均利潤率=獲利額”較爲妥當。當這個平均利潤率無法查明時，可委託評估機構進行評估。此外，商業祕密權利人的損失包括已經遭受的損失和必然遭受的損失即直接損失和間接損失，侵權人的獲利是實際獲利，而不包括預期獲利。
3、以不低於商業祕密許可使用的合理費用爲賠償額。當商業祕密權利人與他人曾簽有商業祕密許可使用合同時，可採用此種方式計算賠償額。這是假定侵權人在正常情況下取得權利人商業祕密的許可使用時，其許可使用費應該是多少，再推定該數額爲賠償數額。當然，使用該方法計算賠償數額，應綜合考慮侵權人的性質、情節以及商業祕密許可的性質、範圍、時間等因素，在不低於許可使用費至該許可使用費的3倍幅度內確定;同時還應防止商業祕密權利人與他人相互串通虛構許可使用合同及許可使用費，以向侵權人收取鉅額賠償。
4、定額賠償。定額賠償就是由人民法院根據案件的具體情況酌情確定賠償額。在知識產權侵權損害賠償中，經常出現原告的損失和被告的獲利均無法查明的情況，司法實踐中採取酌情賠償的方法來處理。修改後的著作權法、商標法和專利案件的司法解釋都規定了酌情賠償的數額最高不超過50萬元。由於侵犯商業祕密行爲的損害賠償額，可以參照確定侵犯專利權的損害賠償額的方法進行,因此，對於侵犯商業祕密的損害賠償也應是一般在5000元以上30萬元以下確定賠償數額，最多不得超過人民幣50萬元。除此之外，當事人自願協商賠償額也是實踐中常用的一種方式，只要這種取捨不損害國家、社會或者第三人的合法權益。
對於上述侵犯商業祕密損害賠償的數額計算方法非隨意取捨，而是按照一定的先後順序加以採用，具體表現爲：以不正當競爭法第二十條規定的賠償方法爲指導原則並優先採用，以各種變通的方法爲補充，以定額賠償爲最終的保留;即應當以能夠確定權利人的實際損失或推定損失的方法優先;其次採用能夠確定的侵權行爲人的實際獲利或商業祕密許可使用費的方法;在上述各種方法均無法確定時，採用定額賠償方法，以切實保護商業祕密權利人的合法權益。
