1.主體不同，資金來源不同：事業單位：屬於事業法人。資金來源主要是國家財政撥款。公司屬於企業法人，資金來源主要是籌資或是股東投資。
2.設立目的不同：事業單位：大都是由國家機關和地方政府設立的。不以盈利爲目的，是爲國家或社會服務，社會公共利益的需要。公司以盈利爲目的。
3.管理主體不同：事業單位：主要是由政府主管部門負責的。事業單位往往有其隸屬的政府主管部門。政府主管部門主要是依靠行政管理的法規、規章、條例、命令和政策對事業單位進行領導和管理。公司都是在法律法規允許的範圍下，遵守企業（公司法）進行自我管理，對自己的行爲負責。
4.分類不同：公司的主要形式爲無限責任公司、有限責任公司、兩合公司、股份有限公司、股份兩合公司，其區別於非盈利性的社會團體、事業機構等。事業單位：教育事業單位、科技事業單位、文化事業單位、衛生事業單位等
《公司法》第六條設立公司，應當依法向公司登記機關申請設立登記。符合本法規定的設立條件的，由公司登記機關分別登記爲有限責任公司或者股份有限公司；不符合本法規定的設立條件的，不得登記爲有限責任公司或者股份有限公司。法律、行政法規規定設立公司必須報經批准的，應當在公司登記前依法辦理批准手續。公衆可以向公司登記機關申請查詢公司登記事項，公司登記機關應當提供查詢服務。
