1、關係範圍不同
關聯方交易雙方是關聯關係，包括母公司和子公司的關係，以及同一集團下面的各子公司之間的關係，也包括其他關聯關係，比如上市公司的董監高與上市公司的關係，以及上市公司的股東與上市公司的關係等。而內部交易僅僅包含母公司與子公司、子公司相互之間發生的交易，更多見於集團公司內部。
2、銷售交易行爲不同：
母公司與子公司發生的銷售交易，肯定屬於關聯交易，但是否又屬於內部交易，則要具體分析。購買子公司股票是增持行爲，不屬於關聯交易，也不屬於內部交易。
上市公司的關聯交易是指上市公司或其控股子公司與上市公司關聯人之間發生的轉移資源和義務的事項。關聯人包括關聯法人和關聯自然人，在《上市規則》中對關聯法人和關聯自然人的範圍給予了明確定義。同時，規定了潛在關聯人的條件，即因與上市公司的關聯人簽署協議或作出安排，在協議生效或安排生效後，或在未來l2個月內具有前述關聯法人或關聯自然人的規定情形之一的：以及過去l2個月內，曾經具有前述關聯法人或關聯自然人的規定情形之一的，都被視爲潛在關聯人。
從某種角度來看，內部交易是一種“有實無名”的交易，即確實存在這種經濟活動，但未發生在機構單位之間。
由於SNA～1993的核算對象是交易，因而必須將內部交易做顯性化處理，即虛擬。一般來說，虛擬就是對經濟活動進行賦值。這一看法對於實物交易覈算來說是有道理的，但從內部交易覈算來看，這也許不夠全面。
正如SNA～1993所指出的：“在過去，價值的估計有時稱爲虛擬，但是最好是把虛擬這個術語留給不僅要估計一個價值，而且要構想一個交易那樣一種情況”。因此，虛擬一般分爲兩個步驟，即首先構想一個“交易”，爾後爲流量賦值。
由此可知，內部交易覈算的首要問題是創建兩個“交易主體”，並將其虛擬爲一般性的“交易”。儘管內部交易只涉及到一個機構單位，但該單位往往具有兩種身份;
如生產者與消費者(自產自用)、生產者與投資者(自制設備)、所有者與使用者(固定資本消耗)等，這意味着可將單主體的內部交易轉化爲發生在雙重身份之間的一般性“交易”，並在此基礎上確認和記錄流量。
隨着我國的社會經濟水平的不斷髮展，我國的交易的類型也是多樣化的，中國證監會、交易所或上市公司根據實質重於形式的原則，可以認定其他與上市公司有特殊關係，可能造成上市公司對其利益傾斜的自然人和法人爲關聯人，從而應履行相應的關聯交易決策和披露程序。
