根據糾紛到底屬於民事合同糾紛還是電子商務的消費糾紛來確定。如果是電子商務的合同糾紛常見的適用法律爲《民法典》、消費糾紛適用於《消費者權益保護法》，如果要發起訴訟則適用於《民事訴訟法》。
侵害消費者權益案件的管轄我國《民事訴訟法》籠統地規定，因侵權行爲提起的訴訟，由侵權行爲地(包括侵權行爲發生地和侵權行爲結果地)或者被告住所地人民法院管轄。
就某一特定的法院而言，它的管轄區域無疑是確定的，但網絡空間本身難定邊界，判斷某一網上活動發生的地點和發生結果的確切範圍都是十分困難的。
另一方面，由於互聯網的設計目的在於資訊共享而不是獨有，所以一個加害行爲產生多個損害地的情況並不鮮見。可以說這些侵權行爲結果地法院都有管轄權。所以有人建議乾脆取消侵權行爲地這一識別因素，而僅以被告的住所地及可執行的案件標的所在地來確定管轄權。
依目前國內司法實踐來看，網上侵權案件基本上還是採用被告住所地原則。雖然這樣可以避免原告挑選法院時無所適從，或不同地區法院同時主張管轄權引起的混亂，但從長遠來看，這種將網絡空間與地理空間完全對立、分割的做法尚值得商榷，也不適合解決國際間管轄權糾紛。
電子商務合同糾紛案件的管轄目前，國際上傾向於採用合同義務履行地法院有管轄權的規則。
但對於網上交易合同履行地的確定則較爲困難。依規定，送貨的貨物到達地或自提的提貨地是合同履行地。
所以網上銷售若以實物爲交付標的，不難確定其合同履行地，但廠商在網上直接銷售軟件、mp3音樂等數字產品(無形物)時(用戶可直接在網上下載，廠商提供使用密碼—註冊碼)，對於網絡服務商提供在線的有償技術服務時，如因一方未能按承諾解決問題或一方未及時付款發生糾紛，一種可能是把這種形式的網絡銷售看作是買方自行提貨(用戶自行下載)的交易，但網絡服務商採取發送電子郵件的方式提供產品或服務，即賣方把產品或服務資訊發送到買方指定的特定系統(該系統由第三方有償或無償提供，如電信局提供的電子信箱)。
因此如果是產生了電子糾紛，可以按照電子合同的具體履行地來確定具體的法院進行起訴，通常發起的訴訟也是民事訴訟，因此法院在進行電子商務糾紛的案件判決時，參照的法律依然是《民法典》或者是其他消費者有關的法律。
